然而即便如此，此时武帝对太子依然充满了爱护。武帝每次外出巡幸，就由太子主持国事，由卫皇后主宫内事。等武帝回来后太子再禀告他的处理。甚至有时候武帝都不需要太子作汇报。因为政见的不合，卫皇后常常告诫太子，让太子顺着武帝的心意行事，不要自作主张。武帝听说后认同太子的做法，而否定卫皇后。
在太子与皇后地位不稳常不自安的时候，武帝发觉这种不安的情绪，主动跟太子的舅舅，大将军卫青主动表明态度，袒露心迹：【汉家庶事草创，加四夷侵陵中国，朕不变更制度，后世无法；不出师征伐，天下不安；为此者不得不劳民。若后世又如朕所为，是袭亡秦之迹也。太子敦重好静，必能安天下，不使朕忧。欲求守文之主，安有贤于太子者乎！闻皇后与太子有不安之意，岂有之邪？可以意晓之。】
武帝此语时非常坦诚的，直言对太子治国理念与才干的认同，【若后世又如朕所为，是袭亡秦之迹也。太子敦重好静，必能安天下，不使朕忧。欲求守文之主，安有贤于太子者乎。】说明太子的性格与主张完全符合武帝的要求与主张，武帝并未因为父子的分歧而对太子产生偏见。最后又通过卫青安慰了惶虑的太子与皇后，让他们不要有不安的情绪。这个谈话充分说明武帝对太子的充分认同。不过，武帝这样的雄猜之主，这段谈话也许也有些许婉言提醒的意味，选择与卫青说这些话，即是告诉卫后与太子你们的卫氏势力联系有点太紧密了。
因为在此之前，元狩六年，霍去病去世的那一年，霍去病上书为太子发声：【大司马臣去病昧死再拜上疏皇帝陛下：陛下过听，使臣去病待罪行间。宜专边塞之思虑，暴骸中野无以报，乃敢惟他议以干用事者，诚见陛下忧劳天下，哀怜百姓以自忘，亏膳贬乐，损郎员。皇子赖天，能胜衣趋拜，至今无号位师傅官。陛下恭让不恤，群臣私望，不敢越职而言。臣窃不胜犬马心，昧死原陛下诏有司，因盛夏吉时定皇子位。】于是刘闳、刘旦、刘胥几位皇子都被封为诸侯王而就封国去了，远离京师，自然也降低了对太子的威胁。霍去病是卫青的外甥，非常铁杆的卫氏一党，而且素为武帝宠信，他的话非常有分量。
有卫皇后主宫内，外家卫青霍去病为强援，加上丞相石庆父子为首的宽厚长者的拥护，太子势力已经非常强大。但这一切随着霍去病与卫青的去世而发生改变。
元封五年（公元前106年），卫青去世，太子最有力的支柱不复存在。由于太子厌恶法家酷吏，武帝一死，那么这些酷吏的日子就不好过了，于是深酷用法者都拼命诋毁太子，太子所倚仗的外家卫青也已去世，所以他们肆无忌惮地竞相欲构太子。所谓三人成虎，这些人又结党构陷，于是【太子誉少而毁多】。

对太子的构陷可以从苏文与常融之事窥见一斑。
武帝与诸子的关系颇为疏远，甚至皇后都很少能见面。太子去宫中拜见皇后，很长时间才出来，或许太子是与皇后有什么密谈。黄门苏文就向武帝诬告说太子是与武帝后宫人嬉戏。这是很严重的罪过了，后来昌邑王短短二十余日被废，有一条罪名就是与昭帝宫人淫乱。然而武帝虽然不悦，却没有惩治太子，反而给太子增加了二百宫人。
苏文与小黄门常融、王弼等就整天盯着太子，只要太子有什么微小的过失，就立马添油加醋向武帝报告，甚至无中生有地诬告。有次武帝有个小病，让常融召太子过来。常融报告说太子脸上有喜色。武帝听闻默然不语。等太子到后，武帝偷偷观察太子的脸，看到还有流泪的痕迹，却强颜欢笑、故作轻松宽慰武帝。武帝很奇怪，一问真相大白，于是诛杀常融。
卫皇后让太子直接上诉武帝，请诛杀苏文等。然而太子宽和，认为只要自己不犯错，怕什么诬告，所谓身正不怕影子斜是也。不过虽然这次太子免于诬陷，但长年累月的诽谤与谮毁，武帝难免也会逐渐动摇，与对太子积累不满。加上卫氏集团的强大让武帝非常忌惮，不免联想自汉初至今外戚干政的往事，而愈发坚定打击卫氏的想法。

这时候就爆发了公孙贺案。案件经过是这样的：公孙贺的儿子公孙敬声擅自使用戍卫京师的北军的军费一千九百万，事发下狱。而当时武帝在下诏追捕号称“京师大侠”的朱安世，却一直抓不到。于是公孙贺便自告奋勇抓捕朱安世，将功来赎儿子公孙敬声的罪。武帝同意了，而公孙贺也如愿抓住了朱安世。然而朱安世手眼通天，能量很大，居然笑称：【丞相祸及宗矣。南山之行不足受我辞，斜谷之木不足为我械。】在狱中上书告发公孙敬声与武帝女儿阳石公主私通，并使巫者在甘泉驰道埋木偶人，祭祀诅咒武帝。于是公孙贺父子都下狱处死，举家族灭。一同牵连的还有阳石公主、诸邑公主以及卫青的长子卫伉等人。
公孙贺的身份非常敏感。他的妻子是卫君孺，他是卫皇后的姐夫，又是卫青的旧部，从卫青征匈奴，并且公孙贺位居丞相，地位颇高，是卫氏集团的核心人物之一。除公孙父子外，另外牵连被杀的阳石、诸邑两公主是卫皇后的女儿，卫伉是卫青的长子。卫伉在太初五年就已经被剥夺宜春侯爵位，此时仍被冠罪追究，可见武帝对于卫氏的清洗力度非常大。
当然，公孙贺被杀，除了因为武帝打击卫氏的原因外，也有其它的因素。武帝在下御史的诏书中说：【故丞相贺倚旧故乘高势而为邪，兴美田以利子弟宾客，不顾元元，无益边谷，货赂上流，朕忍之久矣……又诈为诏书，以奸传朱安世，狱已正于理。】武帝在这里指责公孙贺的是他个人的奢侈踰法，以及政治上的无能。结合公孙敬声【骄奢不奉法】的记载以及私自挪用北军钱的行为来看，这些指责应该是真实的，而这恰恰又是武帝所重点打击的行为。元朔初，武帝任用酷吏义纵为长陵及长安令，打击列侯与贵戚。义纵【直法行治，不避贵戚。以捕按太后外孙脩成子中，上以为能。】天汉、太始年间，由于贵戚近臣奢侈不法，武帝任江充为绣衣使者，【督三辅盗贼，禁察逾侈。贵戚近臣多奢僣，充皆举劾。】
另外，朱安世一事也颇值得玩味。天汉二年，武帝下诏关都尉：【今豪杰多远交，依东方群盗。其谨察出入者。】武帝对于游侠豪强的打击是一直不遗余力的。武帝令绣衣使者暴胜之逐捕群盗，甚至连刺史郡守都一并牵连诛杀。此次长安大搜，一些豪杰之士也是打击的目标——比如京师大侠朱安世。这件事中疑点重重。第一，为何武帝高度重视，急下诏追捕朱安世不能得，而公孙贺似乎却颇有信心能抓捕朱安世以赎子？这恐怕是公孙贺与朱安世早有关系，对其颇为熟悉，所以才能胸有成竹地顺利抓捕。第二，为何朱安世一介平民，却能够在狱中上书，书呈武帝？这恐怕是背后有人相助的关系。
背后的相助者自然是公孙贺，或者说卫氏集团的敌对力量。【贰师将军李广利将兵出击匈奴，丞相为祖道，送至渭桥，与广利辞决。广利曰：“愿君侯早请昌邑王为太子。如立为帝，君侯长何忧乎？”屈氂许诺。昌邑王者，贰师将军女弟李夫人子也。贰师女为屈氂子妻，故共欲立焉。】刘屈氂与李广利为亲家，共谋立昌邑王。虽说这段对话发生于征和三年，但在此时应该已经有所勾结了。我的猜测，背后相助的或许就是昌邑王党或是江充之流的酷吏。
在武帝正意欲打击卫氏的时节，公孙贺还接连撞上禁踰侈、结豪强、巫蛊之事，可谓非常作死了。不过即便如此，武帝在历数罪名的诏书中却并未提及巫蛊，可见巫蛊从一开始就隐含着借由不相干的名义治罪莫须有的意味。

当时京师有一种习俗，就是巫祠祝咒或巫蛊。这种习俗，方式不外乎是以巫术和咒诅，以放蛊毒或者利用偶像来象征咒诅的对象等手段来加害于人。巫法施蛊毒为秦代由西方胡人或秦汉之际由西南夷人所传入，并非中国所原有的。汉代的巫蛊祝诅往往与胡巫、楚巫、越巫等边疆民族有关。不过巫和蛊原本是两件事，巫是巫术，蛊是病痛或病毒。然而祝诅之法是否涉及到放蛊，就无法确定了。
巫祠祝蛊的习俗在社会中广泛地流行着，在秦代甚至有秘祝之官，【即有灾祥，辄祝祠移过于下。】汉承秦制，直到文帝时才下令废除这一官职。【十三年夏，上曰：“盖闻天道祸自怨起而福繇德兴。百官之非，宜由朕躬。今祕祝之官移过于下，以彰吾之不德，朕甚不取。其除之。”】不过在迷信鬼神的古代，这种神秘地力量并未被抛弃，用祝诅的手段暗害敌人的方式，依然被很多人使用。不过一般人的认识中，如果被祝诅的人并不信巫蛊之事，其实就没有任何问题。在这方面，文帝就非常通达，曾下诏说：【民或祝诅上以相约结而後相谩，吏以为大逆，其有他言，而吏又以为诽谤。此细民之愚无知抵死，朕甚不取。自今以来，有犯此者勿听治。】明确表示自己不信巫蛊之事，并表示不要因此治罪。同样不信巫蛊的，比如董仲舒。《风俗通》里记载了这么一个故事：【武帝时迷于鬼神，尤信越巫。董仲舒数以为言，武帝欲验其道。令巫诅仲舒。仲舒朝服南面，诵咏经论，不能伤害，而巫忽死。】虽然这个故事也很假，但表达的反巫蛊迷信的思想还是很有进步性的。

相比于文帝不迷信巫蛊之术，武帝就是另一个极端。董仲舒这次破除巫蛊的实验并未影响他对于巫祝的迷信。他本人既然无比相信巫祝之术，所以也对巫蛊之事极为敏感，极力杜绝别人以巫祝之术害他的可能。
天汉二年秋的大搜，【止禁巫祠道中者】。巫祝皇帝本是大逆之罪，但文帝的通达是取消了此罪。不过到了武帝时，巫蛊又再次被当作罪名，并有不少人因此治罪。
武帝元光五年，失宠的陈皇后被发觉【挟妇人媚道】。于是武帝令执法深刻的张汤来追查此事。在穷治之下，【女子楚服等坐为皇后巫蛊祠祭祝诅，大逆无道，相连及诛者三百余人，楚服枭首于市。】陈皇后也因【失序，惑于巫祝，不可以承天命】被废，徙长门宫。
元狩二年，衡山王后徐来与宠姬厥姬交恶，被厥姬密告衡山国太子，前任王后乘舒，即太子的生母，为徐来指使婢女用蛊术所害。后衡山王因谋反覆灭，此事抖露出来，徐来以此被杀。
这两案中，并未有直接的证据表明巫蛊可以杀人，徐来之事更像是斗争中厥姬的诬告。但由于巫蛊之事神秘不可捉摸，社会普遍迷信这种法术，被指控者也难以自辩，证明无辜。所以以巫蛊祝诅治罪，很容易称为一项莫须有的罪名。以至前面的公孙贺案，武帝历数公孙贺罪过的诏书中甚至并未提及巫蛊之事。

石德劝太子反抗的动机先不说，至少他的建议是非常有道理的。公孙贺案与眼下江充经办的巫蛊案，都是显而易见针对卫氏而发的。公孙贺案尚离不远，这次来势汹汹、素有衔恨的江充所意指的，那就一目了然了。桐木人虽系栽赃，却无法自明。皇帝远在甘泉宫，联系被隔绝，甚至在不在世都要打个问号。
更重要的是石德提到了扶苏之事。秦始皇死，李斯赵高等封锁消息，诈称始皇帝诏命，令扶苏自杀。对比当今之事，武帝消息不通，江充假武帝之命步步迫害。而令扶苏自杀所为的是扶立胡亥，而迫害太子刘据所为的又是谁呢？这个问题让太子立即认清这场斗争的险峻血腥与无路可退，其本质就是武帝身边以江充为代表的酷吏以及暗中支持武帝其他子嗣的敌对势力，在立嗣问题上对太子集团发起的一次总攻。这不是简单的和武帝的信任危机，也不是敌对势力不经意的挑衅，而是一场明确铲除整个太子集团的大阴谋。

石德的话已经说到这份上了，孝顺宽厚的太子却没有听从，说：【吾人子，安得擅诛！不如归谢，幸得无罪。】依然选择了容忍，抱着最后的一丝希望，要亲自前往甘泉宫面见武帝解释清楚。然而江充相逼愈急，形势上已经没有任何回旋的余地。太子也深知自己已经没有别的选择了，与其任人鱼肉，还不如奋起反抗。作为卫青的外甥，卫太子宽厚的性格下还有着卫家人的血性与刚烈。七月壬午，太子宣布江充谋反，矫诏派自己的门客冒充武帝的使者，宣布江充谋反，收捕江充。与江充同行的韩说怀疑使者有假，拒不受诏，被太子门客当场格杀。不过疏忽的是，与江充一同前来的御史章赣、黄门苏文却从中逃脱了。章赣挂了彩，负伤逃回甘泉宫向武帝报告。
消息泄露，武帝即将知道，必定不会放过太子。情急之下，太子派舍人无且持太子节连夜进入未央宫殿长秋门，通过女长御倚华把事件的来龙去脉向他的母亲卫皇后作了汇报，并商议接下来的行动。卫皇后自然是支持儿子的反抗的，得到卫皇后的指出与帮助，太子【发中厩车载射士，出武库兵，发长乐宫卫，告令百官日江充反】，并宣布皇帝在甘泉宫病困，怀疑可能有重大变故，奸臣想乘机作乱。
中厩为天子内厩，武库在未央宫，当年萧何所造，以藏兵器。太子皇后的思路非常清楚，夺取武库是非常关键的一步。武库是国家储存兵器的重地，具有极高的战略价值。汉代私藏兵仗甲胄历来被认为是试图谋反，处分极严。【春秋之谊，家不臧甲，所以抑臣威，损私力也。】周亚夫子购买甲楯五百被给周亚夫陪葬，被责以谋反可见一斑。所以起兵所需的武器必须从武库获取，而太子通过矫诏的方式控制了武库。
控制武库还有一个作用，即切断武帝军队的武器来源。除正在担任巡逻、宿位任务的兵士外，其余禁军部队的武器一般都是集中保管于武库中的，平时身边并不会配有武器。例如后世侯景乱起，叛军猝至城下，京师纷乱。军人争入武库，自取器甲，有司不能禁。虽距离汉代较远，但京师驻军平时不配有武器恐怕是历代通例。

处决江充之时，太子亲自赶到来，怒骂：“赵虏！乱乃国王父子不足邪！乃复乱吾父子也！”江充本是赵国太子丹的上客，却把太子私事告密给赵王，挑拨父子关系。卫太子骂的就是此事。挑拨你们国王父子还不够，现在竟又来挑拨我们父子！积压了很长时间的委屈愤怒全都爆发出来，当场斩杀江充示众。助江充为虐，大肆栽害冤杀的胡巫，也被一并烧死在上林中。
另一边，武帝在甘泉宫听说了章赣、苏文的报告，却并不信太子谋反，说：【太子必惧，又忿充等，故有此变。】此时的武帝还是保持理智的，心里很清楚太子只是因为被江充栽害而心生愤怒危惧，情急之下才反抗的。于是派遣使者去长安探视，传召太子询问。然而使者见长安局势混乱，不敢继续前往传召，便半途返回，撒谎说太子确实谋反，还要斩杀使者。武帝听闻太子谋反，大怒，一边自己离开甘泉宫赶到离长安更近的建章宫，一边令丞相刘屈氂调发三辅的县兵前往镇压。又给与了刘屈氂指挥中二千石以下官员的权力，让丞相刘屈氂亲自带兵。
太子未见武帝问讯的使者，只看到了磨刀霍霍前来镇压的刘屈氂。刘屈氂是李广利的亲家，是广陵王的外家，早就想扶立广陵王为储，卫太子自然是他们要铲除的目标，落在刘屈氂手里一样活不了。为抵御刘屈氂的镇压，卫太子只能用武力打败刘屈氂，稳定局面再出面向武帝解释。

然而此时太子手里并没有什么可动用的兵力。前面捕杀江充，攻击丞相府，所用的不过是太子宫、长乐宫的卫士，数量上根本不足以对抗刘屈氂前来镇压的兵力。攻击丞相府，丞相刘屈氂仓皇逃走，连丞相印都没带。然而即使太子得到丞相印绶，此刻也没有什么作用。太子所能争取的，是驻扎在京师的禁军与宫卫
这里有必要简单介绍一下西汉中央军。驻扎京师的禁军为北军，武帝时南军已经不置。北军分为八校：【中垒校尉掌北军垒门内，外掌西域。屯骑校尉掌骑士。步兵校尉掌上林苑门屯兵。越骑校尉掌越骑。长水校尉掌长水宣曲胡骑。又有胡骑校尉，掌池阳胡骑，不常置。射声校尉掌待诏射声士。虎贲校尉掌轻车。凡八校尉，皆武帝初置，有丞、司马。】以中垒监督诸校，设监使者监督北军。北军数量众多，王莽时，【莽拜将军九人，皆以虎为号，九曰“九虎”，北军精兵数万人东】，尚有精兵数万人，对于北军数量的估计大约就是数万人。北军平时屯驻于京师，掌管宿位，助理治安，有战事则外出讨乱伐叛，是一支相当精锐的作战部队。
此外，京师还有各宫卫部队。宫卫部队分为宫内与宫外。宫外由中尉统领，武帝时改名为执金吾，负责掌徼循京师，即徼循禁备盗贼，负责京师的治安。宫内由卫尉与光禄勋分掌，共同承担宫内戒备的事务。卫尉负责宫内外围，光禄勋负责内围。而宫省之中也有少量中黄门兵，守卫禁门黄闼。
太子既得长乐宫卫士，又控制了武库，未央宫多半也纳入掌控，我认为太子应该已经得到了部分卫尉手下的宫卫兵力，不过数量不多。光禄勋所统领的期门与羽林由于为皇帝贴身近卫，多半随从于甘泉宫，太子不太可能能掌控。为了对抗武帝镇压的军队，太子作了多方面的准备。
附上长安宫殿布局图。

首先，太子派遣使者矫诏赦免长安中都官囚徒，分发武库的武器，武装囚徒作为兵卒，让少傅石德及宾客张光等人统领。中都官又称都官，即京城诸官署。中都官狱即长安都城内诸官府的监狱，不包括廷尉狱和长安县狱，为武帝所设的诏狱，共二十六所。武帝时网禁严密，大兴刑狱，所以监狱囚徒必然众多。按一狱百余人来估计，这样一来就得到了约数千的兵力。
然而这样仓促聚拢的囚徒部队有如驱市人而战，遇到正规军是不行的。于是太子努力争取长安的屯军——北军的掌握。他派释放的囚徒如侯作为使者，持节调发长水校尉统帅的长水及宣曲胡骑，要求全部武装集合。自己亲自赶往北军大营，持节令监北军使者任安发兵。任安曾是卫青的门客，又是司马迁的好友，在卫青地位受霍去病影响而稍衰，其余门客多离开卫青而侍奉霍去病之时依然不离不弃。任安作为卫青的故吏，身上有明显的卫氏一系的标签，太子相信任安应该会帮助他。任安与所料一样，接受了太子调兵的符节。
然而，事情却发生了惊人的转折。任安接受了符节，本该发兵，却突然关闭营门，拒绝听命于太子。太子万万没想到发生如此变故，在北军营外等候无果，只能回到长安。而另一边，如侯奉命调发长水营的胡骑，却被赶到的皇帝使者，侍郎莽通所阻拦。莽通抓捕斩杀了如侯，告诫胡人，太子所持的节有诈，不要听命。因为汉节应为纯赤色，而太子矫节，为了区分加上了黄旄。两边调兵的努力都失败了，如侯被莽通捕杀，石德被长安男子景通协助莽通俘获，莽通带着长水宣曲的胡骑反而前来镇压，大鸿胪商丘城也带着楫濯士前来会合，刘屈氂的大军也包向了长安。太子已经四面楚歌。
武帝的态度非常坚决而冷酷，就是要镇压叛乱，甚至不惜直接杀死太子。此前刘屈氂意图封锁消息，被丞相长史骑驿站快马赶去报告给了武帝。武帝大怒，说：【事籍籍如此，何谓秘也？丞相无周公之风矣。周公不诛管、蔡乎？】意思很明白，刘据现在就是作乱的管叔、蔡叔，你刘屈氂尽管效仿周公，杀了太子！又下玺书给丞相，【捕斩反者，自有赏罚。以牛车为橹，毋接短兵，多杀伤士众。坚闭城门，毋令反者得出。】毋令反者得出，这是一个都不打算留了。
太子此时该怎么办？为了与那些构陷他的奸佞抗争到底，为了向父亲表达对漠视父子之情的愤怒，为了保护支持自己的母亲与卫氏，为了对得起那些已经为了他而牺牲的如侯等人，即使明知是死路，也要踩着血泊将它走完。背水一战，奋命一搏了。
回到长安的太子驱使长安四市的平民作战，共召集了数万人。至长乐西阙下，遇到刘屈氂的大军，双方展开了激战。一边是训练有素的正规军，一边是刚刚被发放武器的平民百姓。这场实力完全不对等的交锋，竟然持续了五日。古代士气很难维持，一般伤亡达到一定的比例就会引发恐慌溃散，即便正规军也是如此。太子军——应该说太子方的平民，明知道对抗的是皇帝的正规军，明知道太子是被冠以谋反叛乱的罪名，明知道寡不敌众，必败无疑，却都愿意用生命为太子战斗到底，奏响了无比悲壮的挽歌。

私纵太子自然难逃干系。刘屈氂赶到见田仁私纵太子，于是当场就要斩杀田仁。同行的御史大夫暴胜之拦住，说丞相司直是两千石的高级官吏，要斩得先请示，不要擅自动手。刘屈氂理亏，只得放了田仁。然而武帝知道此事大怒，派人责问暴胜之，丞相司直田仁私放反贼，丞相斩他是完全合法，你为什么擅自阻拦他？暴胜之被责，畏惧之下自杀。太子之乱初步平定，武帝开始追究这场变乱的责任人。诸太子宾客，只要是出入过宫门的，全部诛杀；跟随太子发兵的，以谋反罪灭族；官吏士兵有趁机劫掠的，全部流放到敦煌郡。如侯、石德被擒杀，张光血战后被商丘成俘获，应该也遇害了。田仁私放太子，被处以腰斩。任安受太子节却不出兵，武帝本以为任安是故意欺骗太子而受节，并未参与叛乱而放过。然而任安曾笞辱北军钱官小吏，被小吏上书举报。武帝认为任安是坐观成败的投机行为，不忠，大怒，判任安也一并腰斩。加上前面有畏而自杀的御史大夫暴胜之。
又有曹参之后曹宗，其父曹襄尚卫长公主，而曹襄之父曹寿尚平阳公主，平阳公主是卫青妻，卫长公主是卫皇后的女儿。曹宗沾上这么明显的卫氏烙印，自然是在劫难逃。不过关于曹宗结局的记载非常混乱，众多史料甚至截然相反。
《汉书·五行志》：【后月,巫蛊事兴,帝女诸邑公主、阳石公主、丞相公孙 贺、子太仆敬声、平阳侯曹宗等皆下狱死。】曹宗在公孙贺案中被杀，这里反而没有提卫伉。
《汉书·曹参传》：【子宗嗣，有罪，完为城旦。】完即髡，城旦者，旦起行治城。有罪但没被杀，髡刑改为城旦刑，就是做筑城苦工。
《史记·曹相国世家》：【征和二年中，宗坐太子死，国除。】这里也是被杀国除，不过是在太子案中。
《汉书·高惠高后文功臣表》：【征和二年坐与中人奸，阑入宫掖门，入财赎，完为城旦。】
《汉书》的几处记载混乱矛盾，所以这里采取《史记》的说法，即曹宗死于这次的太子巫蛊案。

此外，武帝诏令宗正刘长乐、执金吾刘敢收回卫皇后玺绶，卫皇后自杀。黄门苏文、姚定汉抬放到公车令空房间，盛以小棺，埋葬于长安城南桐柏。《汉书·五行志》：【桐柏，卫思后园所在也。其后，赵皇后自微贱登至尊，与卫后同类。赵后终无子而为害。】跟赵飞燕并提也许是对卫皇后的侮辱。
除了被刑杀的，也有因镇压太子有功被赏的。武帝诏曰：【侍郎莽通获反将如侯，长安男子景通从通获少傅石德，可谓元功矣。大鸿胪商丘成力战获反将张光。其封通为重合侯，建为德侯，成为秺侯。】
太子出逃，武帝盛怒，按《汉武故事》的说法，【治随太子反者，外连郡国数十万人。】群臣忧惧之下，也不知所措。这时壶关的三老郑茂上书申诉，先是一连串阐述父子之情，然后话锋一转，【今皇太子为汉適嗣，承万世之业，体祖宗之重，亲则皇帝之宗子也。江充，布衣之人，闾阎之隶臣耳，陛下显而用之，衔至尊之命以迫蹴皇太子，造饰奸诈，群邪错谬，是以亲戚之路隔塞而不通。太子进则不得上见，退则困于乱臣，独冤结而亡告，不忍忿忿之心，起而杀充，恐惧逋逃，子盗父兵以救难自免耳，臣窃以为无邪心。】以江充之疏对比太子之亲，言太子为江充构陷，不得已起兵【救难自免】，为太子起兵之事辩诉。又揭发往者江充谗杀赵太子的老底，表明江充其人素来奸诈。最后劝武帝不要追究太子了，【毋患太子之非，亟罢甲兵，无令太子久亡】。
《汉书》说【书奏，天子感寤】，然而武帝读完郑茂的上书显然并没有立即认识到太子的冤屈，也没有停止对太子的追捕。既如此，那么武帝感寤了什么呢？
《资治通鉴》在【天子感寤】加了一句【然尚未敢显言赦之也】，算是对《汉书》的一点弥补。
《汉武故事》云【上感寤，赦反者，拜郑茂为宣慈校尉，持节徇三辅赦太子。】说武帝因郑茂之言赦免太子，却是与《通鉴》的说法相反。
到底武帝的感寤是有什么考量与行动呢？这三种说法哪个更为准确呢？我们不妨看一下太子之死。

征和三年（？），公孙敖因妻子坐巫蛊，牵连被灭族。公孙敖是卫青的老友，曾救过卫青的命。当年卫子夫刚受宠幸，陈皇后妒，于是暗中命人抓捕卫青。卫青当时还在建章宫做事，籍籍无名，馆陶公主擅自抓住卫青想要杀他，被公孙敖救下。公孙敖三次跟随卫青北征匈奴，是铁杆的卫氏一系，虽仕途浮浮沉沉，当时是以战败罪人囚禁，却也难以从这场屠杀中幸免。
征和三年，几名胡人也因牵涉巫蛊案被杀。有匈奴东胡王降侯卢贺，故东粤繇王降侯居股，以及东粤馀善侯子禄。这几人被杀的都与太子有关，居股与卢贺因受太子节，被视为太子同党，而禄的罪名是放过了卫太子所私幸女子，又祝诅武帝。其实这些理由都难以成立，在太子还没结束，太子尚在逃亡中，武帝就已经对附逆之人进行清洗，缘何到了明年才迟迟治受太子节之罪？况且这几人到底有没有受太子节也要打个问号。不过这几人与太子关系颇为密切是可以确定的。太子矫节首先就是考虑发长水营的这些胡骑，足见他们与太子较为熟悉。恐怕事情并不是如罪名所说这么简单，这恐怕只是武帝清洗时随意使用的一个借口而已。
此外又有赵破奴坐巫蛊被灭族。赵破奴没什么好说的，唯一要指出的是，他是霍去病旧部，曾任骠骑将军司马。
截至此时，武帝利用巫蛊案打击卫氏的目的已经达到了，按《汉书·外戚传》的说法：【卫氏悉灭】。皇后卫子夫，太子刘据，卫子夫的两个女儿阳石公主与诸邑公主，卫子夫的姐姐卫君孺，女婿曹襄的儿子曹宗，丞相公孙贺，将军公孙敖，太子妃、良娣等，史皇孙，皇孙王夫人，太子少傅石德，太子舍人张光，卫青舍人田仁、任安，霍去病旧部赵破奴，以及与太子关系密切的几名胡人，全部遇害。

洪迈在《容斋随笔》中对巫蛊之祸有这么一番议论：【汉世巫蛊之祸，虽起于江充，然事会之来，盖有不可晓者……木将腐，蠹实生之。物将坏，虫实生之。是时帝春秋已高，忍而好杀，李陵所谓法令无常，大臣无罪夷灭者数十家。祸之所被，以妻则卫皇后，以子则戾园，以兄子则屈牦，以女则诸邑、阳石公主，以妇则史良梯，以孙则史皇孙。骨肉之酷如此，岂复顾他人哉？且两公主实卫后所生，太子未败数月前，皆已下狱诛死，则其母与兄岂有全理？固不待于江充之谮也。】洪迈分析此案是归咎于武帝年老之“朽”，对“骨肉之酷”，自然是事实。然而对于武帝的分析仅仅停留于此尚不够深入。
武帝针对卫氏而发此案是可以确定的，但武帝的目的有铲除太子，为刘弗陵的更嗣铺路吗？
很多人持有武帝兴巫蛊之狱的目的就是为了更嗣的观点，而这一观点的关键理由便是所谓的尧母门。《汉书·外戚传》：【太始三年生昭帝，号钩弋子。任身十四月乃生，上曰：“闻昔尧十四月而生，今钩弋亦然。”乃命其所生门曰尧母门。】然而，征和二年时刘弗陵不过才三岁，武帝纵然老来得子对小儿子喜爱有加，却又凭什么有信心刘弗陵长大会比刘据更为优秀？刘据已经三十七岁，辛辛苦苦培养了近四十年的接班人，又岂会因为一时对少子的喜爱而轻易废弃？更何况刘彻已经六十多岁，在古代绝对算是高龄了，身体机能与健康状况的下降，即使迷信长生的武帝自己也不可能不知道。这么大费周章地除掉太子，自己又能不能活个近二十年等刘弗陵成年呢？这些都问题武帝不可能不清楚。所以尧母门只是昭帝即位后的一种神化与附会，为皇权披上神秘的外衣，不足以证明武帝要铲除太子为刘弗陵让路。
武帝对太子态度的转折点很明显，就是太子起兵，被诬以谋反。武帝对太子颇为包容，即使太子矫节杀江充，武帝也仅仅认为太子为自保而并未发怒——直到听闻太子谋反的消息，便立刻勃然大怒，直言令刘屈氂诛杀管蔡。后面对于太子的追捕，对太子妻子的诛杀，都是认定太子“谋逆”下的行为。