第一章·回忆
柯南看着镜子中曾经熟悉的面孔，觉得越发陌生起来。他想起了十年前，那一天……
十年前，因为他多次服用未完成的解药，使他身体的抗药性越来越强，终于有一天，灰原告诉他，不能再服用未完成的解药了，否则，即使有真的解药，他也不能再变回工藤新一了。
于是，他只能寻找，等待。寻找那个组织的踪迹，等待那个组织的消息。
他用“柯南”这个身份，在她身边生活了几个月。
终于有一天，FBI的人告诉柯南，找到了那个组织的位置。但是，在那场战斗中，不小心让琴酒逃脱了。
琴酒在逃离前，引爆了足以炸毁组织全部资料的炸弹。这场战斗，虽然是FBI赢了，但，他们一份资料也没有——它们全都被琴酒的炸弹炸毁了。