面对东方巴西帝国愈发骄横的外交态度，秘鲁共和国决定接受圣克鲁斯总统的提议，接受圣克鲁斯的庇护。
1936年3月14日，圣马科斯大学的校院教堂之内，圣克鲁斯正式加冕为“共和国智者”与“秘鲁国家骑士”的称号。
自此，秘鲁成为玻利维亚附属邦国，由圣克鲁斯共同保护与统治。

“今日，安德烈斯总统于普卡尔帕城遭受刺杀，幸而未受损伤……为了篡夺玻利维亚的权柄，我们有充分的理由怀疑是秘鲁政府精心策划的阴谋!……这样的暴行不应该再出现在神圣的领土之上!”
——《大玻利维亚日报》1936年8月30日
针对这次刺杀案件，玻秘双方进行了一轮又一轮的协商。但是，秘鲁代表无法感受到玻利维亚的任何诚意。
他们拿出的条款如果被签订，从国防到行政，从铁路到矿产，秘鲁将没有一丝自主权。
1936年9月8日，谈判正式宣布破裂，玻利维亚向秘鲁宣战。军队迅速发动突袭，抢占边境领土。
秘鲁对此早有防范，与厄瓜多尔已经秘密缔结了共同防御条款。
1937年3月5日，利马之战打响，玻利维亚渡过乌卡亚利河，对秘鲁首都发动偷袭。
战斗持续了半个月，最终秘鲁首都失守，进入劣势。

刺杀的内幕如何已经不重要了，最终伟大的圣克鲁斯领袖粉碎了敌人的阴谋。
光荣的秘鲁-玻利维亚邦联于1838年5月3日正式成立，象征15个郡的15架礼炮于苏克雷大教堂前齐鸣；由三国精锐组成的仪仗队，以标准的军姿接受着领袖的检阅。
秘鲁的学者、厄瓜多尔的政治家、玻利维亚的商人……各个阶层如今都被团结在圣克鲁斯的身边。
一位爱国主义作者落笔写到:
“比它(指邦联)更伟大的名字只有一个——那就是安德烈斯.德.圣克鲁斯”

随着统一的热潮过去，对于军政府的质疑和诽谤连绵不绝。
1839年5月20日，圣克鲁斯宣布重组政府，由神职人员和军职人员组成联合政府。
同时，督促修改法律，承诺普及慈善教育。以挽救日渐低下的普世道德，和应对工厂主对于识字工人的需求。

“早在16世纪，这片神圣的大陆就患上了一种奇怪的疾病。上帝在散布福音的过程中，还将虫豸种在拉丁美洲的肌肤上。我们很想承认这是一种磨砺，但是事实却与此相反。那些人出于邪恶的目的，将无道德者一船又一船的送到这里——而这分明是我们的家!”
“这里我不得不赞同门罗总统的思想，并在此宣布:欧洲列强企图将制度扩张到拉丁美洲的任何一个角落，我都会视为对玻利维亚和平的威胁。”
——《圣诞致泛拉丁美洲》圣克鲁斯(1839年12月25日)
1840年7月23日，玻利维亚宣布尼德兰拉丁美洲殖民政府非法，并且要求其解散政权，由玻利维亚接手所有领土。
战争爆发，新组建的玻利维亚海军与海上马车夫对峙。

大不列颠政府宣布玻利维亚的声明侵犯正义的自然财产权利。并毅然宣布支持尼德兰政府战争。
圣克鲁斯对此早有筹备，在得知大不列颠参战的消息后，法兰西国王当即宣布维护玻利维亚的合法要求，对以英国为首的敌对阵营宣战。
对于英国的参战，圣克鲁斯并不意外，毕竟尼德兰作为大不列颠在欧陆的两颗高玩之一，有一点风吹草动都会让它神经紧张。
但是，美国和巴西的参战是他始料未及的。
巴西的参战导致玻利维亚要直接面对三国联军，对于新创的玻利维亚军队无疑造成了巨大压力。

1841年7月，圣克鲁斯斥责神职人员蒙蔽上帝的神谕，将战争的的罪责归咎于他们身上。
“他们没有尽到自己的责任，无论在城镇中心、大学、或者其他公共场合，神的智慧没有在他们的行为中体现。”
“这次战争——这次由于教会挑拨而发动的战争，让同样信仰上帝的人们相互攻讦!这完全是一场错误!而安德烈斯领袖却由于对上帝福音的渴求，错信了愚蠢的谗言。”
“幸好，伟大的安德烈斯领袖用外交手段解决了这次危机——至少让损失控制在可接受的范围。”
神职人员从世俗政府中剔除，而工业代表们作为替代，介入了政府的权力当中。
当然，舆论蒙蔽不了智慧者。秘鲁和厄瓜多尔复国主义者趁机大肆宣扬分裂秘鲁和厄瓜多尔。
1841年8月2日，由圣克鲁斯亲自操刀，5000名军警封锁利马城，将复国主义者、旧官僚、怀旧学者分别下狱——更有甚者未经审判就处以死刑。
邦联解体重组，圣克鲁斯宣布更名为玻利维亚共和国，14个郡(亚马逊郡已被割让给巴西)为共和国的直接领土。

“圣克鲁斯是如何取得法兰西原谅的，我们无从得知。唯一可以知道的是，玻利维亚已经成为法兰西干涉美洲的桥头堡。”
——《纽约太阳报》1842年12月
虽然法兰西与三国的战争尚未结束，但这并不影响已经投降的玻利维亚和正在奋战的法兰西之间加深友谊。
甚至以至于，在圣克鲁斯的努力下，法兰西与玻利维亚之间缔结了关税同盟。
“如果需要，我们可以作为法兰西在拉丁美洲最忠诚的朋友。”
圣克鲁斯在某次议会大会上直言。

“在波托西，鸟粪成为最为昂贵的奢侈品。因为干旱已经将所有能吃的东西付之一炬……村民在一村一村的死亡，我们唯一感谢圣克鲁斯的是:他没有施行奴隶制，要不然我相信每一个奴隶主都会喜欢上来自波托西的特产——一个孩子只需要15美元。”
——《波托西日报》
波托西的大饥荒已经影响到了整个玻利维亚，粮食价格已经攀升到普通人无法奢求的高度。
死亡成为了一种随时降临的灾难。
天灾往往是动荡的原因，身为底层民众的代表，工会正在组织一场沿海革命，迫使独裁主义者圣克鲁斯下台，组建更加正统的政府。