首先，我认真研究过中国象棋规则和国标麻将规则。虽然说国标麻将规则的吐槽特别多，但是其本身产生的混乱要远远比中国象棋规则要低的，某些联合捉子的解释一直解释不清。虽然说我个人是给出过完善的规则定义，但是远远不如国标麻将好理解。
国标麻将本身规则还是设置的很有问题，但主要是规则设置的不合理，而不是规则执行的问题（虽然有一定的混乱）。
下面要进行对规则的吐槽和分析，虽然之前自己改过，但我认为应该认真的写出来问题在哪里。

1、国标麻将的五原则
分别是不重复、不拆移、不得相同、就高不就低、套算一次原则。
对于就高不就低这个原则是没有太大歧义的，也许实战中会忽视这条原则？
也许需要补充一点：
要先给定拆分方法，再进行算番。
其他的四个原则本身带来的逻辑问题多了去了。
1.1、不重复原则
单个番种A成立，必然番种B成立，那么不计番种B。
然而这带来了很多的问题。也就是吧主说过的上位番种和下位番种的问题，这里看来A是B的上位番种。然而......
规则中，对于幺九刻的定义是，“由幺九牌组成的刻子”，然而实际上只有数字牌1，9和客风幺九刻才能计算幺九刻。如双箭刻、大小三元，都说的是不计箭刻、幺九刻。
这似乎意味着——单个番种A成立，必然番种B成立，但是番种B连带的下位C不一定不计？？
下面会看起来吹毛求疵的文字游戏一样，但是这里必须要讲清楚。
只能说之后需要慢慢修正了。当然幺九刻本身不会带来很多的问题，主要是上位番种和下位番种的印象。
比如说，清一色、混一色是上下关系还是平级关系？由于清一色的牌必然再混一色的集合里，所以看起来清一色必然是混一色的上位。
然而有一个番种叫做五门齐。
那么我们看一看混一色的定义：
由一门花色的序数牌和字牌组成的和牌。
这也就意味着，清一色的牌是满足混一色的定义的，所以在这个定义下，清一色是混一色的上位番种。
你可能会认为这和下面的定义等价：
有且只有一门花色的序数牌和字牌。
此时清一色和混一色互斥。
（所以对于绿一色的各种是否计算混一色就有了争论了。如果是前面那种定义，应该不计混一色。）
但是如果你觉得两种定义等价，这也就意味着推不倒必须包括1234589+245689+白板的所有牌。
哇！看来国标麻将又有了又一种特殊牌型。
（如果真的是按照上面那种搞笑的定义，你要注意上面的所谓推不倒牌型是可以吃的。）
也就是说，本身带来的上位番种和下位番种的问题，还是值得注意的。
首先，如果变成了纯附加番种，行不行？比如说，我把圈门箭设置为1番，但是可以计算对应的幺九刻，在把不求人设置成1番。
然而这会影响一些和牌组合：
1、断幺+平和的组合
2、圈门风刻
另外：七星不靠这个番可以看出来有多搞笑
凑番的几个重叠番需要注意一下，如果变成了纯附加番种，记得对上面一些打补丁。
当然还是回到清一色和混一色的问题上，我觉得还是需要考虑清楚一个东西，清一色和字一色是不是混一色的上位番种？我个人认为是的。因为是集合的包含关系。
也就是说对于花色牌，有几个上下位的关系：
清一色/字一色——混一色(/无字+缺一门)——无字/缺一门——[无番和]，上述补集为五门齐
有几个问题需要搞清楚：
1、如果是上下位番种关系，大小四喜记不记混一色？
这里我个人还是提出一个观点，记不记需要考虑一个问题——
如果国标麻将改为打17张，20张，甚至23张，还会不会出现混一色？（注意这是对花色牌，如果是对形状的要求，考虑14张就可以。）
2、如果对待推不倒和绿一色？（或者各种修改番，如断红、黑一色等村规）
其实这两种非对称牌型来说，我是比较喜欢的，因为需要一点不对称的让牌手不需要完全靠猜测（比如说中发白你应该先仍那一张？）
我个人觉得，绿一色是不应该计算清一色和混一色的，同样的，推不倒不应该计算缺一门，甚至我个人认为无字和混一色都不应该去计算！
因为我认为不能让一张牌的存在与否极大的影响了番种。绿一色也不应该计算断幺无字。

箭圈门算1重，再加计19刻1番，这种算法对于国标来说太过复杂，很容易漏算的。其实关键是国标要把上下位定义明白。

1.1、不重复原则（序）
3、关于幺九刻产生的矛盾
如果真的严格的按照箭圈门是幺九刻的上位番种来说，五门齐应该不计算1番幺九刻。（因为必然出现一次）
但实际上五门齐是按照7番计算的，这算是打了不重复原则的脸。
从上面来理解，边客刻和箭圈门应该是并列番种，然而很多幺九并不计算幺九刻，但是计算箭圈门。这就有问题了。
个人只能这么解释：五门齐是唯一一个把风和箭分开计算的番种，所以这里风刻和箭刻是并列的。
当然，还有一个非常特殊的东西叫做清幺九，不计双同刻。这其实还是有问题的，为什么混幺九计，而清幺九不计？
我个人还是有这种观点，如果国标麻将改为打11张，8张，甚至5张，还会不会出现双同刻？如果不会出现，那么应该计算，否则不应该计算。

清一色计不计混一色这个问题，可以参考日麻和其他竞技规则，大多都是不计的。而且上位不计下位非常合理。
而且，个人觉得连风刻（圈门风刻）计3番比4番更合理。如果连风刻4番，那么同样是东南两风刻，凭什么就因为圈风是东，东家拿到就有5番，南家拿到就只有4番呢？
相反的，日麻计连风刻2番很是合理，因为日麻没有幺九刻。
（个人建议把圈风删了）
什么推不倒啦，绿一色啦，正如楼主所说，都是对花色不平衡的番种，很自然的就会出现这些问题。
之前看有人说，绿一色不计混一色，如果没有发财，清一色计16番。我只想说这是什么东西？特例是不被偏好的。
但是你会发现，和国标现有的规则（不计混一色）比起来，上面的规则居然更合理。
我的建议是把绿一色删了，不过如果非要保留的话，可以学一学隔壁中庸的满贯制，比如60番满贯，如果最高番为48或更低则总番数（包括花牌）最多60，如果最高番为64或88则只计最高番一个番种（我们私下都是这么弄的）
然后你会发现，这个玩意只针对了绿一色和字一色两个番种，像推不倒这些的问题没解决。
继续建议，把推不倒删了。本来就是一眼看不出来的玩意，和混一色清龙三色这些比看不出来美感在哪里。
如果非得要保留的话（什么国标特色啦，尊重原著啦），现在的规则就挺好的，但是得计缺一门，因为特例不被偏好。
同样的，使用满贯制后，大小四喜不应该计混一色，甚至连字一色都不应该计。
七星不靠本身就是瞎扯，全不靠基础上纯运气的一个玩意，不值得12番。
同理，类似日麻的四暗刻单骑，十三幺十三面等都不应该单独拎出，反而是四暗刻单骑自摸，十三幺十三面自摸这些应该奖励，因为日麻含有振听规则，凭什么我做的十三幺十三面反而不如别人纯运气的呢？（当然日麻的双倍役满本身就不合理，这里不提了）
再来说第一个问题，双箭刻和三元是箭刻的上位，箭刻是幺九刻上位，那为什么双箭刻和三元就不是幺九刻上位了呢？就好像2，2.5，3这些数比1大，1比0.5大，那2，2.5，3这些数就不是比0.5大的数了吗？
这些问题希望楼主能思考一下。

我认为，纠结大小四喜计不计混一色，清幺九计不计两同刻，字一色计不计双箭刻这些都没有必要
满贯制直接解决

1.2 不拆移原则和自刻问题
这几个原则有人的理解是“不循环原则”
不拆移原则倒是很好理解，大番种不能给内部的小番种
本身来说，这个原则没有什么太大的问题，然而在一个地方上出了问题，那就是自刻问题（暗刻、明杠、暗杠）。
比如说我是双自刻牌型，只有双暗杠，那么我是算双暗杠这个番还是算双暗杠本身还是双暗刻+双暗杠？
如果你认为算双暗杠，请问三自刻是单暗刻+双暗杠如何计算？算了双暗杠的番如果按照粗略的不拆移原则，是和三暗刻冲突的。
虽然实际上开几个暗杠是及其稀有的，如果去细纠是可以解答上述问题的，而且没几个牌会有这种问题。但是这体现了国标并没有处理好暗刻和杠的关系。
注：
自刻问题的逻辑完备解决办法是类似立直麻将的算符方法，虽然非常麻烦，比如我给出的算法是：
双自刻情况下有暗刻1，明杠2、暗杠4；
(如果全部分类，有双暗刻2、阴阳刻3、双明杠4、长短刻5、明暗杠6、双暗杠8一共6种类型)
三自刻是暗刻4、明杠8。暗杠16。
(典型有三暗刻12、三明杠24、三暗杠48。一共10种类型）
四自刻是暗刻16、明杠24、暗杠36。（一共15种）
这么做其实就变成了——国标特别鼓励开杠。
当然也许有人认为大明杠和加杠是不一样的，因为大明杠和暗杠都是先有暗刻才成立的，其实修改方法也很容易，暗刻按照自刻数目计算番数，加杠是杠的数目，大明杠和暗杠按照自刻和杠哪个多来算。

大明杠和加杠应该是一样的。在起手一对的情况下，大明杠是自己摸一张牌之后别人打一张牌，加杠是别人打一张牌之后自己摸一张牌，除了顺序以外完全一样，没必要纠结这个，
你说的双暗杠一暗刻这个问题，当然是计双暗杠加三暗刻。我认为你对不拆移原则理解有误。我认为不拆移原则是牌型的不拆移（比如门清两般高不能同时计七对和一般高），而不是番型的不拆移（如123123m123123s计2个一般高和1个喜相逢）。
而只有双暗杠的话，当然只是计双暗杠，因为双暗刻是双暗杠下位。
再科普一下：
算副并不是立直麻将首创，而是古典时期就有的。而且立直麻将那个也不是真正的算副，只有一家算副，古典麻将是四家算副，和牌者加算番。
回归正题，国标将自刻分为“暗刻”“明杠”“暗杠”“杠”四类，彼此之间还有重复的部分（暗杠），且暗刻（真正的暗刻，不包括暗杠）与明杠分别记在两类番种里，当然会导致混乱。
我的解决办法是：将自刻分为三类：自刻，杠，暗杠。
其中前者是暗刻、明杠和暗杠，而“杠”包括明杠和暗杠。
这么分类的好处是：
首先，关系一目了然。有几个自刻就算几个自刻，有几个杠就算几个杠，有几个暗杠就算几个暗杠。
其次，比如门清碰碰和的对碰听牌，自摸是四暗刻（四自刻），而点和只有三暗刻（三自刻），此时别人打出了你的一张暗刻牌，你会不会杠？杠了做四暗刻不可能，连三暗刻都困难，而做三杠等更是难上加难。所以大多数人都不杠。而改为自刻系统后不杠是三自刻/四自刻，而杠了一手仍然是三自刻/四自刻，不会降番。甚至杠两次还有三自刻/四自刻+双杠，不减反增。
我们自然麻将的系统（5番满贯，13番役满制）是：
暗杠1番；自刻1番，双杠2番（实际3）；三自刻3番，三杠6番（实际9），三暗杠役满；四自刻6番，四杠役满。
套到国标里可以：明杠1番，暗杠2番；双自刻2番，双杠2番（采用不加计则改为4番），双暗杠4番（不加计改为8番）；三自刻16番，三杠16番（不加计改为32番），三暗杠32番（不加计改为64番）；四自刻32番，四杠48/56番（不加计改为80/88番）。
顺便批一下日麻的伪番副制。我三个中张暗刻是12副，加三暗刻2番，一共48副；杠了一手是16副，没番，只剩了16副。所以即便日麻没有杠宝牌，本质也是抑杠的。打没有杠宝牌的规则时也不要被杠了加副迷惑了。

我这里对于国标规则的分析和吐槽，是简历在逻辑上的（比如难易度，美观度），而不是建立在国标规则本身上的。
1.3 不得相同原则、套算一次原则
这两个是被吐槽非常多的规则，也许是为了编程的方便而提出的方法。
按照火警在知乎的总结，是指的在相同类番种的情况下，组合关系不得出现循环。
实际上，这是一个非常隐藏的——番种A和番种B存在，那么番种C必然存在，我们可以不计番种C。
这里举了部分例子。比如清龙123 456 789和123，我们不应该计算两次清龙。
然而如何处理123 234 345 567这中宽窄交叉的情况？
对于这个问题，我们考虑17张。
123 234 345 456 789应该如何计算？
123 234 345 567 789应该如何计算？
123 456 456 789 789应该如何计算？
方法：最大加权法
要想到逻辑完备的方法，我们要采用类似算刻杠的方法。
这里假设一些东西。
比如，一般高是2组顺子2番的番种（国标是1番，这里进行民工修正2番），则我们可以认为每一种顺子贡献了1番。
同样，清龙是16番的番种，每一组顺子贡献了16/3番。
也就是说，一个顺子在不同的组合下，选择每一条顺子在三个方向上（大于，小于，等于）最大的贡献番种（每个方向只能组合1次，这里要注意），然后求和。求和后可以选择向下取整或者四舍五入原则（其他的也可以，反正误差就1番）。
比如123 345 456 567，
对于123，其在大于方向上最大贡献16/3。
对于345，只有大于方向上有番种一色三步高，所以贡献16/3.
对于456，大于小于方向上最大番是345 456 567的一色三步高16/3，123 456连六只有1/2，所以计算为16/3。
对于567，只有小于于方向上有番种一色三步高，所以贡献16/3.
总共加起来是64/3，是21-22番。
比如说123 456 456 789，这里456的大于小于方向上是清龙16/3，而456本身需要计算一般高1，所以两个456的番是19/3，总共加起来是70/3，大约是23-24番
再比如123 456 567 678，这里456在小于方向上是1/2，大于方向是16/3，这里可以加起来！其他顺子计算不在赘述。总共是17番。
比如123 456 456 456 789，456在大于小于方向上是16/3，在等于方向上是一色的24/3=8！因此总共加起来是40番。
123 123 789，假设一般高是1番，那么总共是2.5番！
123 123 789 789，在不设置特殊番种（二杯口）下，假设一般高是1番，总共是4番。
123 234 345 567 789，总共是32番。
123 234 345 567 789，总共是32+16/3。

1.3 不得相同原则、套算一次原则（续）
那你可能就要问了，如果出现双色甚至三色的番应该如何处理？
还是要遵守类似的原则。
对于异色顺系番种，和同色是并行的。依然选择每一条顺子在三个方向上（大于，小于，等于）最大的异色贡献番种（每个方向只能组合1次，这里要注意），然后求和。
最后同色+异色一起求和。
比如三色四步高 123 234 345 456，应该计为8番。
再比如宽三色四步高定义成10番（注意少1番连六，这里要注意同色计算时没有连六！），那么
123 789 + 345 678 + 567，是12番。
123 456 789+ 345+ 567，是21番。
123 123 + 123，假设一般高是2番，那么总共是3.5番。
123 123 + 123 123，假设一般高是2番，总共是6番。
如果我给了双色番呢？比如双色喜相逢.....
这里我们可以遵循相同的原则。
比如说123 678+123 678+123
（两色）双喜相逢是6番，那么对于其中两个123，喜相逢的番种是1.5，三色番是8/3，那么总共应该计为11番（123选择三色，678计算喜相逢）。
对于多通刻顺的方法是相同的。
这样也就彻底解决了不得相同，套算一次原则，采用的是自刻计算类似的方法。

不要把规则产生的结果弄得太复杂。准确的掌握81个番种已经很难了，在额外加一堆的算法就完蛋了。你就相当于把番种内不同的架构，分拆为几个新番种。如果这个这些新番种的定义太啰嗦，太容易混淆，以及产生了过多的新番种，导致记忆量大幅增加，那么这个新规则就是失败的。

其实就以日麻来说，日麻本身也有很多规则和番种方面的bug和争议。你深入研究日麻你就会发现。

今天继续吐槽分析，从1番的番种开始。当然很多仅仅是我的一家之言，自己的观点，请大家不要过分攻击。
1、一般高、喜相逢、连六、老少副
一般高应该设置成2番。这算是日经问题了。
连六这个名字其实非常奇怪，我感觉叫两连顺或者短清龙什么的都好点。
2、幺九刻
定义问题上述已经说过，箭圈门从来不算幺九刻。
如果过对数字一九刻进行削弱，我个人目前持有如下观点：
国标麻将有抑制无脑胡牌的目的（当然忘记了五门齐这个大杀器），于是把混一色、碰碰和、全带幺这几个番都削弱的很惨。
这几个番种，幺九刻算是比较重要的凑番方法了，砍了幺九刻，这几个番需要加强（当然肯定很多人直接就加强了。）
其次，国标的黄金8番需要用到一九明杠，删除一九刻的话。。。。。。
3、缺一门&无字
对于某些番种是否要加计缺一门，无字，混一色我还是那个观点：
如果国标麻将改为打17张，请问会不会出现纯清龙，纯三元等番？
如果国标麻将改为打20张，请问会不会出现纯一色四同顺，纯大小四喜等番？
对于花色类番种，该计算啥都计算啥。（注意碰碰和等不同，这是牌型类番种，14张大四喜不计）
当然，这两个番决定了国标想要做到屁和难度很高，因为凑8番并不是一件容易的事情。

4、明杠
国标对刻的打压其实还不算严重，对于杠的打压才是真正的严重。开杠本来就够难的。而且才1番！
黄金8番的必备1番。
之前有人认为大明杠和加杠没有区别，但是加杠能不能计算全求人是需要规定的。
关于杠本身的问题，会有一个专门的总结。
5、边张，嵌张，单钓将
虽然应该归结为独听是个日经问题了，但是还是有一些地方值得注意。
我记的没错的话，港台的部分麻将中，有假独听。
这里为什么当时要叫做边坎钓，因为这只能基于基本和牌类型（张数可以是2，5，8，11，14，17......）
所以特殊牌型并不存在独听的问题。
比如说之前提到的纯搞笑番种，拿着1234589+245689+白板直接和，听任何一张都不应该计算独听。
所以独听的说法是：
基本和牌型中，整手牌只听1张牌，计1番。
唯一的问题是，假如实际上只有1张牌和，但是有空听应该如何计算？
比如1111222234444，听134，但是实际上只听3。
我认为有空听，就不能算独听了。但是空听可以出一个番种。
6、自摸
我认为这番应该是“补1番”，而不是“1番”。
7、花牌
很有趣的番种。如果从纯竞技角度来说，不应该有花牌，但是人家可以作为纯防守牌。