只有少数支线会消失，亚特兰蒂斯是dlc，不影响你地图上的支线，不用担心先做会把别的任务弄没，再者说神教任务是不可能消失的

先走神教，把希腊和袖剑dlc的主线剧情走完（穿插着做支线），神教杀完之后再考虑做亚特兰蒂斯那些任务就行

与神教有关的也就克勒翁支线（伯里克利酒会后消失）、苏格拉底言论自由支线（提前干掉赫尔米波斯会消失）、克莉西丝的死神降临、四勇士迪安涅拉的支线等，去亚特兰蒂斯dlc前至少要升到5级矛，解锁三级主动技能才能进化。