阿里·不哥麾下，聚集了蒙哥的儿子们以及察合台家族的女主人兀鲁忽乃、成吉思汗的庶支阔列坚家族的兀鲁兀台等帝国中心地区和右翼的实力派人物。在远方的术赤家族，其首领别儿哥发行了印有阿里·不哥之名的硬币。这无疑证明其对阿里·不哥宗主权的认可。在名分上，任何人都清楚阿里·不哥是正统的大汗。与之相反，在那个时点忽必烈一方就是叛军。
可是帝位已经变得与正统性没有什么关系，仅凭实力就可以了。开战后不久，忽必烈军就击溃了阿里·不哥军，进驻首都哈剌和林，一度控制了蒙古本土。在另一个主战场的陕西、甘肃方面，活跃着忽必烈的亲信即著名谋臣畏吾儿人廉希宪，他迅速拿下了京兆和六盘山两大据点。又进一步与从蒙古本土南下反争夺而来的阿蓝答儿所指挥的大军展开激战，凭着甘肃本地建有兀鲁思的合丹家族只必·帖木儿的支援，彻底消灭了阿蓝答儿大军。忽必烈一方在军事上的优势，从战役一开始就确立了。
退往蒙古高原西北地区的阿里·不哥表示投降。忽必烈留移相哥指挥的一支部队驻守哈剌和林，自己返回了开平府。然而，阿里·不哥得到强大的斡亦剌部的支援，战斗力得到恢复，遂谎称投降而接近哈剌和林，突袭并击败了移相哥军。于是一鼓作气强行穿过戈壁，打算直取忽必烈的根据地开平府。忽必烈一方面临危机。不过左翼诸王和五投下等紧急发兵，经过两次大的会战，阿里·不哥军不能获胜，撤兵而去。
其后，双方隔戈壁相持，胜负似乎又回到了起点