采用上进水运行方式时，由于水的密度高于气体，将有相当部分的气体保持在组件空腔之内难于排除，或降低了组件的工作效率，或在系统运行调试过程时的净水或浓水径流中长时间夹带气泡，很难使系统进入稳定状态。
多数MBR膜系统采用上产水模式的原因，一是便于膜组件净水区空气排出，二是便于组件首末端产水通量均衡。