我的世界海军总部的位置是由玩家自行选择的，可以根据自己的喜好和需要在海岛、海边或海底等位置进行建造。建议选择距离其他玩家建筑较远的位置，以避免干扰和被攻击。可以利用游戏内的地图和坐标系统来标记和定位海军总部的位置，方便自己和其他玩家进行导航和交流。