限制民营经济的市场准入制度会导致市场竞争不充分，影响经济效率和创新能力。同时，这种制度也容易被政府滥用，导致不公平竞争和腐败问题。此外，限制市场准入还会阻碍外部投资和技术的引进，影响经济发展。