减数分裂时基因分离发生在第二次分裂过程中，也称为减数第二次分裂。在此过程中，同源染色体的姐妹染色单体分离，并分别进入两个子细胞中。这是一种生殖细胞的分裂方式，有助于保持遗传物质的稳定性。