荷花池发臭发绿的原因是水中的藻类和细菌过度繁殖，导致水质变差。这可能由于过量施肥和浮萍等物质积聚所造成。在光照，氧气和温度的影响下，藻类和细菌会逐渐繁殖数量并分泌大量有机物质，最后影响水生态平衡。