如果在工厂自动辞职，可以通过以下方式解除劳动合同：1.向用人单位提出书面辞职申请，说明原因和离职日期；2.与用人单位协商解除劳动合同，签署协议并办理离职手续；3.如果无法与用人单位协商解除劳动合同，可以通过劳动仲裁或法院诉讼解决。此外，自动辞职的员工应该注意维护自己的权益，如要求用人单位出具离职证明和结算工资、奖金等。