毕业档案是重要的个人资料，应该妥善保管。如果毕业档案存放在自己手里，可以考虑将其存放在安全、干燥、防潮、防火的地方，避免遭受损坏或丢失。如果需要使用档案，可以根据需要复印或扫描相关资料，以免损坏原始档案。如果档案遗失或损坏，可以向学校申请复印或重新制作。