马来西亚双联课程的一个主要弊端是，由于其英文授课的特点，使得英语水平较弱的学生在学习过程中可能会遇到障碍。此外，由于该课程的学习时间较长，还需要付出更多的学费和时间投入。同时，该课程也面临着教学质量的问题。由于缺乏足够的师资力量和教学资源，一些学生可能无法获得充分的教育资源。