关于这个游戏的剧情，我看了一些剧情解析，还有根据游戏内的内容大概能整理出来一个。
首先是一些设定。
在这个背景里面是有许多条时间轴的。然后每一条时间轴都有世界石（娜娜篇打boss掉落的那个）和时之结晶（艾琳篇打boss掉落的）用来维持时间轴，防止崩坏。终末篇的最终boss是连接各个时间轴的装置。所以我推测其他的boss应该也是维持时间轴的装置。
然后是剧情，根据观测，各个世界线都在逐渐崩坏，但是一个世界线里的艾琳不甘心，她认为如果有一个时间轴留存下去，那也比全部都毁灭了好，于是她决定消亡其他世界线为代价，保护这一条世界线。在艾琳篇打最终boss，应该就是艾琳取得时间结晶，毁灭另一条世界线的情景。
那么在看娜娜篇，我们在娜娜篇玩的应该是这个世界线本来的娜娜，而最后的黑衣人是另一个世界线为了保护一条时间轴而摧毁其他世界线的娜娜。在黑衣娜娜被击败之后有留下四颗世界石，这里后面会提到
再说终末篇，终末篇的开场有一个黑衣娜娜被娜娜干爆的画面，那个应该就是娜娜篇里面黑衣娜娜被击败的情节。
之后黑衣娜娜醒来就看到了眼镜女。然后就是一路杀到boss的剧情
其实终末篇这里，应该是娜娜篇的世界线，因为黑衣娜娜留下了四颗世界石，使得这里有双倍的世界石，足以抵抗崩毁。
最后黑衣娜娜和艾琳一起击碎了那个大时之结晶，释放出了足以毁灭所以时间轴的能量，
眼镜女应该是寄了（我猜的）
后来的应该是那一条世界线幸存了下来，娜娜和艾琳幸终了（？）
不过因为别的世界线都爆掉了，也就不存在穿梭，所以这就是穿梭物语的终末章（和题目呼应了？）
https://www.3839.com/wenda/698/3651698.htm
其实有很多是来源于这篇的，分析的也很不错。看了他写的我才能写出来这个（）