食物不耐受的产生原理当前仍然存在分歧，但是其存在的事实及产生的后果是公认的。这一研究领域现在得到较广泛认可的是德国科学家FOOKE博士阐述的食物不耐受的发生原理。
FOOKE博士认为，理论上食物在进入消化道后，应当被消化到氨基酸、甘油和单糖水平，这样才能完全转化为能量提供人体所需，但许多食物，因为缺乏相应的酶而无法被人体完全消化，以多肽或其他分子形式进入肠道，在那里被机体作为外来物质识别，从而导致免疫反应的发生，产生食物特异性的IgG抗体。IgG抗体与食物分子结合形成免疫复合物，并被机体当作废物从肾脏排除。同时，由于某些免疫复合物无法通过肾小球滤膜，堵塞了肾脏的滤过结构，导致了肾小球滤过压升高，继发血压升高、血管壁扩张和胆固醇沉积。人体废液不能正常通过肾脏排出而潴留在组织中，尤其是脂肪细胞，最终导致水肿和肥胖。
所以，如果不能及时改变饮食结构，不耐受的食物会继续形成复合物，加重原有的症状并不继续下去。免疫系统超负荷，致使人体各系统出现系列症状疾病，包括高血压、肥胖、头痛或偏头痛、慢性腹泻、疲劳、感染等各系统疾病。发生食物不耐受的患者可同时会对4-5种或更多食物产生不耐受的现象，其症状一般是在进食后数小时到数天出现，长期食用也可以引起慢性症状，由于其症状没有特异性，患者自我诊断比较困难。