1年前，根源的破灭招来体袭击了地球，怪兽也因受到根源的破灭招来体的影响而不断出现，因此，全世界联合成立了防卫组织G.U.A.R.D，其中，SUPER·XIG被设置在一线作战。20岁的年轻科学家高木敏胜在后来加入了SUPER·XIG。根源的破灭招来体再一次袭击地球的时候，高木敏胜突然坠入于神秘的光之隧道，与银红巨人———格莱亚奥特曼相遇，关心地球和人类的命运的高木敏胜被格莱亚奥特曼赐予了格莱亚之光后，拥有了可以变身成为格莱亚奥特曼的能力。就这样，高木敏胜可以变身成为格莱亚奥特曼与SUPER·XIG一起对抗根源的破灭招来体和其他怪兽。
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