生物有机肥料适用于各种作物，宜做基肥施用。
生物有机肥料施用应注意几个方面：
①在高温、低温、干旱条件下，不易施用。
②当温度25~37℃时，生物有机肥中的微生物活力好，低于5℃时，微生物活力较差；
③微生物适宜的生物有机肥土壤相对含水率为百分之60~百分之70。
④不能将生物有机肥料与杀虫剂、杀菌剂、除草剂、含硫化肥、碱性肥料混用，否则容易杀死有益微生物。还要注意避免阳光直接照射到菌肥。
⑤在有机量较大的田地上，生物有机肥的施用效果较好，而在有机量较小的田地上施用效果较差。
⑥与化肥相比，生物有机肥不能替代化肥，使用时要特别注意与化肥的混配性。