HPV是一组病毒的总称，在临床上它可以分为很多亚型，不同的亚型可以导致不同的疾病。依据不同型别HPV与肿瘤发生的危险性高低，可将HPV分为低危险型别和高危险型别。低危险型别HPV包括HPV6、11、42、43、44等型别，常引起外生殖器湿疣等良性病变包括宫颈上皮内低度病变（CIN I），高危险型HPV包括HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68等型别，与宫颈癌及宫颈上皮内高度病变（CIN II/III）的发生相关，尤其是HPV16和18型。
HPV阳性妇女能否进展到宫颈上皮内高度病变和癌症，与HPV的型别有很大联系。研究显示，在宫颈低度病变的妇女中，高危型别HPV感染阳性的妇女，宫颈病变进展的危险性，大于低危型HPV感染或HPV阴性的妇女。此外，HPV DNA剂量水平、HPV首次感染的时间等也很重要。生殖道感染HPV最常见的型别是16、18、6、11型。
HPV6和11型经常感染外阴、肛门、阴道等部位，属于低危型别。尖锐湿疣或宫颈上皮内低度病变妇女中多常见，与宫颈浸润癌无明显关联。
16和18型则属于高危别。来自世界各国的宫颈癌组织标本的研究现，HPV16和18型感染率最高，在检出的所有型别中，HPV16占50%，HPV18占14%，HPV45占8%，HPV31占5%，其它型别的HPV占23%。
HPV的型别还与宫颈癌的病理类型有关，在宫颈鳞状上皮细胞癌中HPV16占主要地位（51%的鳞状上皮细胞癌标本），而在宫颈腺状上皮细胞癌（56%腺状上皮细胞癌标本）和宫颈腺鳞细胞癌（39%腺鳞细胞癌标本）中HPV18占主要地位。HPV16、18型感染很普遍。