(★:特别篇,◆:动画原创,K:有出现基德,B:有出现黑衣组织 F:有FBI出现,全部FBI中有一人出现即算在内 X:有服部平次出现 S:工藤新一本人出现)
2001年
219 被召集的名侦探!工藤新一VS怪盗基德★ K/S
220 一直说谎的委托人(上集)
221 一直说谎的委托人(下集)X
222 人鱼失踪记(事件篇)X
223 人鱼失踪记(推理篇)X
224 人鱼失踪记(解决篇)X
225 买卖繁盛的秘密 ◆
226 格斗游戏的陷阱(上集)F
227 格斗游戏的陷阱(下集)F
228 潜藏杀机的陶艺教室(上集)
229 潜藏杀机的陶艺教室(下集)
230 谜一样的乘客(上集) BF
231 谜一样的乘客(下集) BF
232 公寓坠落事件 ◆
233 无法消灭的证据(上集)
234 无法消灭的证据(下集)
235 酒窖密室事件 ◆
236 南纪白滨的神秘之旅(上集)◆
237 南纪白滨的神秘之旅(下集)◆
238 大阪3K事件(上集)X
239 大阪3K事件(下集)X
240 新干线护送事件(上集)X
241 新干线护送事件(下集)
242 元太少年的灾难
243 毛利小五郎的冒充者(上集)
244 毛利小五郎的冒充者(下集)
245 向日葵馆的枪声 ◆
246 缠在网子中的谜团(上集)
247 缠在网子中的谜团(下集)
248 疗养森林的不在场证明 ◆
249 偶像们的秘密(上集)
250 偶像们的秘密(下集)
251 OK牧场的悲剧 ◆
252 在图画里面的绑架犯 ◆
253 本厅刑事恋爱物语4(上集) B
254 本厅刑事恋爱物语4(下集) BF
255 松江玉造连句十四回合定胜负(上集)◆
256 松江玉造连句十四回合定胜负(下集)◆
257 非常奇怪的天谴 ◆
258 来自芝加哥的男子(上集)F
259 来自芝加哥的男子(下集) F
260 摇动的餐馆 ◆
261 降雪之夜的恐怖传说(上集)◆
262 降雪之夜的恐怖传说(下集)◆
2002年
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城★X
264 法庭上的对决 妃VS小五郎 (上集)◆
265 法庭上的对决 妃VS小五郎 (下集)◆
266 情人节的真实(事件篇)
267 情人节的真实(推理篇)
268 情人节的真实(解决篇)
269 犯罪的遗物 (上集)
270 犯罪的遗物 (下集)F
271 急忙掩饰的忽略(上集)F
272 急忙掩饰的忽略(下集) BF
273 猜谜婆婆失踪事件 ◆
274 幽灵屋的真相(上集)
275 幽灵屋的真相(下集)
276 警察手册丢失事件 ◆
277 英语教师VS西部名侦探(上集) FX
278 英语教师VS西部名侦探(下集) FX
279 迷宫的阴暗(上集)
280 迷宫的阴暗(下集)
281 年幼的目击者 ◆
282 水流石庭的玄机(上集)◆
283 水流石庭的玄机(下集)◆
284 中华街 雨中的似曾相识(上集)F
285 中华街 雨中的似曾相识(下集)
286 工藤新一纽约事件(事件篇)B/S
287 工藤新一纽约事件(推理篇)B/S
288 工藤新一纽约事件(解决篇) B/F/S
289 迷惘森林中的光彦(上集)
290 迷惘森林中的光彦(下集)
291 孤岛的公主与龙宫城(事件篇)X
292 孤岛的公主与龙宫城(追求篇)X
293 孤岛的公主与龙宫城(解决篇)X
294 爱与决心的粉碎(前篇)◆
295 爱与决心的粉碎(后篇)◆
296 屋形船 震惊的钓鱼 ◆
297 法庭的对决II 妃VS九条(上集)◆
298 法庭的对决II 妃VS九条(下集)◆
299 友情与杀意的关门海峡(上集)◆
300 友情与杀意的关门海峡(下集)◆
301 恶意与胜者的行进(上集)
302 恶意与胜者的行进(下集)
303 能回来的受害者 ◆
2001年
219 被召集的名侦探!工藤新一VS怪盗基德★ K/S
220 一直说谎的委托人(上集)
221 一直说谎的委托人(下集)X
222 人鱼失踪记(事件篇)X
223 人鱼失踪记(推理篇)X
224 人鱼失踪记(解决篇)X
225 买卖繁盛的秘密 ◆
226 格斗游戏的陷阱(上集)F
227 格斗游戏的陷阱(下集)F
228 潜藏杀机的陶艺教室(上集)
229 潜藏杀机的陶艺教室(下集)
230 谜一样的乘客(上集) BF
231 谜一样的乘客(下集) BF
232 公寓坠落事件 ◆
233 无法消灭的证据(上集)
234 无法消灭的证据(下集)
235 酒窖密室事件 ◆
236 南纪白滨的神秘之旅(上集)◆
237 南纪白滨的神秘之旅(下集)◆
238 大阪3K事件(上集)X
239 大阪3K事件(下集)X
240 新干线护送事件(上集)X
241 新干线护送事件(下集)
242 元太少年的灾难
243 毛利小五郎的冒充者(上集)
244 毛利小五郎的冒充者(下集)
245 向日葵馆的枪声 ◆
246 缠在网子中的谜团(上集)
247 缠在网子中的谜团(下集)
248 疗养森林的不在场证明 ◆
249 偶像们的秘密(上集)
250 偶像们的秘密(下集)
251 OK牧场的悲剧 ◆
252 在图画里面的绑架犯 ◆
253 本厅刑事恋爱物语4(上集) B
254 本厅刑事恋爱物语4(下集) BF
255 松江玉造连句十四回合定胜负(上集)◆
256 松江玉造连句十四回合定胜负(下集)◆
257 非常奇怪的天谴 ◆
258 来自芝加哥的男子(上集)F
259 来自芝加哥的男子(下集) F
260 摇动的餐馆 ◆
261 降雪之夜的恐怖传说(上集)◆
262 降雪之夜的恐怖传说(下集)◆
2002年
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城★X
264 法庭上的对决 妃VS小五郎 (上集)◆
265 法庭上的对决 妃VS小五郎 (下集)◆
266 情人节的真实(事件篇)
267 情人节的真实(推理篇)
268 情人节的真实(解决篇)
269 犯罪的遗物 (上集)
270 犯罪的遗物 (下集)F
271 急忙掩饰的忽略(上集)F
272 急忙掩饰的忽略(下集) BF
273 猜谜婆婆失踪事件 ◆
274 幽灵屋的真相(上集)
275 幽灵屋的真相(下集)
276 警察手册丢失事件 ◆
277 英语教师VS西部名侦探(上集) FX
278 英语教师VS西部名侦探(下集) FX
279 迷宫的阴暗(上集)
280 迷宫的阴暗(下集)
281 年幼的目击者 ◆
282 水流石庭的玄机(上集)◆
283 水流石庭的玄机(下集)◆
284 中华街 雨中的似曾相识(上集)F
285 中华街 雨中的似曾相识(下集)
286 工藤新一纽约事件(事件篇)B/S
287 工藤新一纽约事件(推理篇)B/S
288 工藤新一纽约事件(解决篇) B/F/S
289 迷惘森林中的光彦(上集)
290 迷惘森林中的光彦(下集)
291 孤岛的公主与龙宫城(事件篇)X
292 孤岛的公主与龙宫城(追求篇)X
293 孤岛的公主与龙宫城(解决篇)X
294 爱与决心的粉碎(前篇)◆
295 爱与决心的粉碎(后篇)◆
296 屋形船 震惊的钓鱼 ◆
297 法庭的对决II 妃VS九条(上集)◆
298 法庭的对决II 妃VS九条(下集)◆
299 友情与杀意的关门海峡(上集)◆
300 友情与杀意的关门海峡(下集)◆
301 恶意与胜者的行进(上集)
302 恶意与胜者的行进(下集)
303 能回来的受害者 ◆