（★：特别篇，◆：动画原创，K：有出现基德，B：有出现黑衣组织 F：有FBI出现，全部FBI中有一人出现即算在内 X：有服部平次出现 S：工藤新一本人出现) 
2001年
　　219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★ K/S
　　220 一直说谎的委托人(上集)
　　221 一直说谎的委托人(下集)X
　　222 人鱼失踪记(事件篇)X
　　223 人鱼失踪记(推理篇)X
　　224 人鱼失踪记(解决篇)X
　　225 买卖繁盛的秘密 ◆
　　226 格斗游戏的陷阱(上集)F
　　227 格斗游戏的陷阱(下集)F
　　228 潜藏杀机的陶艺教室(上集)
　　229 潜藏杀机的陶艺教室(下集)
　　230 谜一样的乘客(上集) BF
　　231 谜一样的乘客(下集) BF
　　232 公寓坠落事件 ◆
　　233 无法消灭的证据(上集)
　　234 无法消灭的证据(下集)
　　235 酒窖密室事件 ◆
　　236 南纪白滨的神秘之旅(上集)◆
　　237 南纪白滨的神秘之旅(下集)◆
　　238 大阪3K事件(上集)X
　　239 大阪3K事件(下集)X
　　240 新干线护送事件(上集)X
　　241 新干线护送事件(下集)
　　242 元太少年的灾难 
　　243 毛利小五郎的冒充者(上集)
　　244 毛利小五郎的冒充者(下集)
　　245 向日葵馆的枪声 ◆
　　246 缠在网子中的谜团(上集)
　　247 缠在网子中的谜团(下集)
　　248 疗养森林的不在场证明 ◆
　　249 偶像们的秘密(上集)
　　250 偶像们的秘密(下集)
　　251 OK牧场的悲剧 ◆
　　252 在图画里面的绑架犯 ◆
　　253 本厅刑事恋爱物语4(上集) B
　　254 本厅刑事恋爱物语4(下集) BF
　　255 松江玉造连句十四回合定胜负(上集)◆
　　256 松江玉造连句十四回合定胜负(下集)◆
　　257 非常奇怪的天谴 ◆
　　258 来自芝加哥的男子(上集)F
　　259 来自芝加哥的男子(下集) F
　　260 摇动的餐馆 ◆
　　261 降雪之夜的恐怖传说(上集)◆
　　262 降雪之夜的恐怖传说(下集)◆
2002年
　　263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城★X
　　264 法庭上的对决 妃VS小五郎 (上集)◆
　　265 法庭上的对决 妃VS小五郎 (下集)◆
　　266 情人节的真实(事件篇)
　　267 情人节的真实(推理篇)
　　268 情人节的真实(解决篇)
　　269 犯罪的遗物 (上集)
　　270 犯罪的遗物 (下集)F
　　271 急忙掩饰的忽略(上集)F
　　272 急忙掩饰的忽略(下集) BF
　　273 猜谜婆婆失踪事件 ◆
　　274 幽灵屋的真相(上集) 
　　275 幽灵屋的真相(下集)
　　276 警察手册丢失事件 ◆
　　277 英语教师VS西部名侦探(上集) FX
　　278 英语教师VS西部名侦探(下集) FX
　　279 迷宫的阴暗(上集)
　　280 迷宫的阴暗(下集)
　　281 年幼的目击者 ◆
　　282 水流石庭的玄机(上集)◆
　　283 水流石庭的玄机(下集)◆
　　284 中华街 雨中的似曾相识(上集)F
　　285 中华街 雨中的似曾相识(下集)
　　286 工藤新一纽约事件(事件篇)B/S
　　287 工藤新一纽约事件(推理篇)B/S
　　288 工藤新一纽约事件(解决篇) B/F/S
　　289 迷惘森林中的光彦(上集)
　　290 迷惘森林中的光彦(下集)
　　291 孤岛的公主与龙宫城(事件篇)X
　　292 孤岛的公主与龙宫城(追求篇)X
　　293 孤岛的公主与龙宫城(解决篇)X
　　294 爱与决心的粉碎(前篇)◆
　　295 爱与决心的粉碎(后篇)◆
　　296 屋形船 震惊的钓鱼 ◆
　　297 法庭的对决II 妃VS九条(上集)◆
　　298 法庭的对决II 妃VS九条(下集)◆
　　299 友情与杀意的关门海峡(上集)◆
　　300 友情与杀意的关门海峡(下集)◆
　　301 恶意与胜者的行进(上集)
　　302 恶意与胜者的行进(下集)
　　303 能回来的受害者 ◆