不久之后，祁雪音因为调查“祸魔之血”一事离开了王府，一时无人知其下落。而孙云这边，接到了察台科尔台密谋暗害自己的“伪造圣旨”，不惜一切奔往西城战场，支援自己的父王而去。临走前，孙云嘱咐哥哥察台多尔敦，秘密调查有关察台科尔台的一切，看似是已经找到了察台科尔台暗害自己的证据。
终于在一次狭关路口战役，孙云和自己的父王察台王会和，并从“明复教”众军当中救下了父王。回营替父王疗伤后，孙云自知“明复教”的人绝不会善罢甘休，自己笃定就算是拼上性命，也要亲手粉碎何勋义的阴谋，还大都百姓一个太平。
但是军中事情还未维稳，孙云却是秘密接到了调查朝廷官员暴死的案件，被朝廷召回调查案件，不得不离开自己的父王。结果就是在自己离开的这段时间，军营再次遭到突袭，好在梁青等众将的拼死保护下，察台王才幸免于路。
孙云调查案件到一半，知道是“苍寰教”在背后搞事，又急忙奔赴回前线。与察台王重逢后，却是见到了刚好救下自己父王的祁雪音。
又一次和祁雪音会和，孙云在祁雪音面前真诚道歉之前所做的一切。冷静下来的祁雪音，也答应暂时原谅孙云，只要能保护好自己的师兄，所有的事情都可以既往不咎。
之后，祁雪音又和孙云讲述了有关“祸魔之血”的传闻，确定了那个算命的卜天星，就是自己师父口中所说的“魔灵”不假。
在军中练马疗养几日，孙云和祁雪音忽然接到子幽的“挑战书”——子幽以“苍寰教”秘密为交换条件，邀孙云和祁雪音前往德重街赴会，随后便离开。
孙云自知这其中有蹊跷，暗中心生一计——让自己的父王乔装打扮成祁雪音与自己同行，而祁雪音则是打扮成察台王的样子，跟随梁青的部队前往七王山接应粮草。
果然，一切都在孙云的预算之内，孙云带着父王到了德重街，见到了“苍寰教”的首领，原来正是八年前与察台王分隔朝中两派的前官员左煜秋。所有的真相全已道明，左煜秋是为了向察台王复仇，才一手创立的“苍寰教”，并借着人脉暗中掌握了朝廷的机密，与朝廷分礼抗衡。
（左）子幽也在场，在德重街设下重重包围，想要绞杀孙云和察台王父子二人。却不想孙云提前一步联系了鸣剑山庄和清末山庄在此反埋伏，两大派联手救下了察台王，挫败了“左氏父女”的阴谋，左子幽和左煜秋二人仓皇而逃。
挫败了“苍寰教”的阴谋，孙云又马不停蹄赶往七王山支援祁雪音。时祁雪音已经成功赶跑了前来阻截的“明复教”众徒，却是又一次遇见了卜天星，想起之前自己与卜天星的一战，祁雪音心有余悸。
孙云赶来后，听闻了有关卜天星的事，这一次自己与卜天星决斗。然而中途却几遭遇险，最终不敌卜天星的“魔血之力”，失血过多昏迷过去。而卜天星为了自己“魔血”的计划，竟将“魔灵之力”的魔血灌入了孙云体内，孙云在噩梦中辗转反侧，生不如死的痛苦传入心头。
等孙云醒来，被魔血灌注身体后，感觉身体十分的难受。而此时“苍寰教”为了对付孙云，将矛头指向了来运镖局，唆使“明复教”众徒向城中来运镖局发起了攻击。孙云得闻镖局的噩耗，急忙与祁雪音回往镖局营救。
可是还是来晚一步，等孙云和祁雪音赶回镖局，来与镖局已经变成一片“血地”。虽然没有找到家人的尸首，但镖局已毁已是事实，孙云以为自己的家人罹难，心中的恐惧和痛苦颤声，体内的魔血被蛊惑，不经意露出令人狰狞的“异色双瞳”——但这一幕却让祁雪音注意到了。
镖局被毁，孙云怕下一个目标是察台王府，又和祁雪音二人，马不停蹄赶往王府而去。回到了王府，得知察台多尔敦与杜鹃没事，祁雪音才放下了心。而孙云因为体内的“魔血”，愈加痛苦不堪，甚至几度昏迷过去。
可是次日却传来了噩耗——察台王在前线被不明人士暗杀。这个消息传来，孙云仿佛陷入了绝望的深渊，并认定凶手就是“明复教”教主何勋义，发誓要亲手杀了何勋义。体内的魔血愈加涌动，孙云的眼神也有了惊恐的变化，仿佛一个快要堕入地狱的恶魔一般。
为了祭悼自己的父王，孙云和察台多尔敦兄弟俩，准备赶往前线祭酒。可谁想到，酒里早已被察台科尔台下了剧毒，而杜鹃碰巧听到了这个内幕，骑着祁雪音的战马，急忙追赶孙云而去。祁雪音听到这里，也马不停蹄地跟了上去。
但是还是来晚一步，察台多尔敦喝下了自己弟弟亲自下的毒酒，毒发身亡。看着自己又一个亲人命殒，孙云悲痛到了极点，体内的魔血又一次涌起，让自己痛苦难耐，仿佛欲死一般。
杜鹃没能救回察台多尔敦，悲伤至极，但想起察台多尔敦最后的嘱咐，是有关自己父亲的下落，杜鹃又急忙骑马赶往枯荣镇而去。孙云担心杜鹃的安危，忍着体内“魔血”的剧痛，追赶杜鹃而去。而最后晚到的祁雪音，看着自己师兄被毒酒毒死的结果，对孙云彻底失去了希望——没能保护好自己的师兄，孙云食言了，祁雪音发誓要亲手杀了孙云，再也不顾任何感情。
一路追到了枯荣镇山顶，祁雪音追上了孙云和杜鹃。祁雪音向孙云发起挑战，这是二人的第四次决斗，而孙云依旧沉浸在亲人逝世的悲痛之中，加上体内“魔血”的不断煎熬，让孙云已然触及死亡的边缘。
杜鹃此时已是悲伤落泪，无法阻止二人的对决。祁雪音拼使全力，却依旧不敌被“魔血”折磨的孙云，第四次复仇失败，祁雪音陷入了绝望。但是谁能想到，枯荣镇山顶的一战，却是“苍寰教”埋伏已久的陷阱——“苍寰教”南堂堂主南踪坐收渔翁之利，趁着孙云和祁雪音两败俱伤之际突然出现，并一脚将祁雪音和杜鹃二人踢下了悬崖。
看着祁雪音和杜鹃落下悬崖，以为二人身死，自己所有的亲人都离自己命殒而去，孙云的心智彻底崩溃。内心的绝望失去了理智，孙云的身体完全被卜天星的“魔血”所控制，灌注全身，最终激发出了内心的黑暗，亮出赤金双瞳，成为了“灵王”。
变成“灵王”之后，孙云完全将自己的内心封闭，不再瞻顾世间的一切感情，心中只有复仇和杀戮。成为“灵王”后，孙云得到了前所未有的恐怖力量，回到大都城后，孙云用这种力量开始大开杀戒，之前所做的噩梦成为了现实。孙云用这种力量杀了很多的人，恍如恶魔降世一般降临在大都，大都城很快被笼罩在一片“腥风血雨”之中。
鸣剑山庄和青墨山庄这边，得知孙云成为“灵王”的消息，纷纷想要唤回孙云的良知和内心。殊不知忘记一切的“灵王”孙云，眼中只有复仇和杀戮，就算是曾经的朋友前来，也无法唤醒自己。
卜天星告诉花叶寒等人，救回孙云的办法，只有在决斗中打败他，打败“灵王”的力量。鸣剑弟子雷正风不惧身死，率先与“灵王”进行死亡决斗，但“灵王”的力量超乎常人，雷正风根本不是其对手，在与“灵王”的对决中失败，昏迷过去。
之后的阶段，成付和董渝接连挑战“灵王”，却也倒在了“灵王”孙云的刀下，没能救回曾经那个来运镖局的孙少主。花叶寒想起自己与孙云最初的约定，决心自己站出来，与“灵王”对决，唤醒孙云的良知和灵魂，并同一时间告知青墨山庄方珍士等人，找到孙云还幸存的家人，他们才是唤醒孙云的关键。
最后“灵王”孙云与花叶寒的对决，花叶寒为了唤醒孙云的良知，不惜使出禁忌剑术“败血剑法”，用鲜血讴歌与之战斗到最后一刻。孙云朦胧意识的良知之下，方珍士带着还活着的来运镖局众人赶到——孙云再一次见到了自己的亲人，见到了杜鹃，良知在那一刻苏醒，用自己的力量与体内的“魔血”相抗衡，最终成功压制住了“灵王”的力量。
孙云终于恢复了正常，但也同时昏迷了过去。等自己醒来后，孙云才知道自己用“灵王”的力量杀了太多的人，造就了无法挽回的悲剧，不由心生胆怯，心智一时陷入低谷。而祁雪音则是看着孙云醒来，最后一次望着孙云的面容，悄无声息地离开了众人。
此时大都城中的战局发生了逆转，“灵王”虽然造就了无数的“血雨”，但也同样帮助朝廷镇压住了“明复教”的攻势。回到来运镖局后，在一次无意的习武中，孙云又一次感受到了体内“灵王”的魔血力量。孙云开始害怕，回忆起“灵王”的那段恐惧往事，不敢再使用“灵王”的力量，开始变得畏畏缩缩。
然而就在这个时候，太史寒生突然出现在镖局，并告诉孙云数日后的夜晚前往“四象塔”，收集图腾碎片，太史寒生便告诉杀害孙云父亲的真正凶手。孙云答应了邀约，即使明知这是陷阱，也依旧赴死前往。
来到四象塔，即将面对四个拥有图腾碎片的对手，孙云相继打败了何勋义与左子幽，亲手杀死了“明复教”与“苍寰教”的罪魁祸首。然而自己的第三个对手是卜天星，再一次面对卜天星，孙云想起了那日在七王山决斗的恐惧。
但心底反抗命运的决心始终没有改变，认识到自己曾经所犯的过错，这一次孙云扛起了所有的责任，面对卜天星不再害怕，最终成功驾驭了“灵王”的力量。靠着重新苏醒的“灵王”的力量，孙云拼尽全力打败了卜天星，同时也打破了命运的束缚，以及“魔灵降世”的传言。
打败了卜天星，孙云已经伤痕累累，几无可战之力。然而还要面对最后一个对手，孙云来到了最后的朱雀塔前，遇见的却是自己从未放下的祁雪音。
此时的祁雪音已经练就了“神王诀”，完全抛弃了曾经的一切，誓要亲手杀了孙云，为自己的师兄报仇。孙云知道言语无法唤回祁雪音的良知，便以决斗的方式拯救祁雪音，了结所有的一切。
这是孙云与祁雪音的第五次对决，但因为之前与何勋义、左子幽和卜天星的战斗，孙云已经疲惫不堪，没有再继续和祁雪音拼死一战的能力。但孙云还是在咬牙坚持，即使知道自己今晚会命丧于此，也不想让祁雪音留下任何的遗憾。
二人决斗的过程是痛苦的，孙云战斗到了最后一刻，直到自己即将倒在祁雪音的刀下时，孙云才说出那句“你赢了”，为决斗划上了悲伤的句点。而就是在最后一刻，祁雪音想起了这一年来与孙云经历的风风雨雨，不禁感伤落泪，最终看着孙云倒在自己面前，不禁后悔不已。
祁雪音终于打败了孙云，但同时也是最后一次，看着孙云命殒身前，祁雪音提刀离开了这片悲伤之地。却不想回到王府后，一切都是太史寒生的阴谋——原来祁雪音自己也成了太史寒生利用的棋子，借自己的手除掉孙云后，最后再除掉自己……
但孙云最终还是获救了，凭借洪济风的高超医术，孙云留住了最后一口气。在镖局养伤两个月后，孙云才恢复了正常。重新康复的孙云看淡了一切，知道最简单的幸福是什么，并与杜鹃定下了婚约。
然而婚礼当天，孙云却从任光口中得知了事情的一切——原来这八年来所有的一切，全是太史寒生一手策划，目的就是为了彻底毁灭察台家族。从任光那里，孙云还得知祁雪音死在了太史寒生手上，一时悲痛的孙云，决心亲自前往皇宫，亲手为死去的父兄和祁雪音报仇雪恨。
太史寒生靠着八年的策谋，成功踩在了察台王族的头上，坐上了朝廷相国的位置。可让自己出乎意料的是，孙云并没有被祁雪音杀死，反倒奇迹活了下来。孙云赶到皇宫，再次上演“喋血王府”一幕，继承了祁雪音的刀法以及“灵王”的力量，最后的决斗打败了太史寒生，成功为死去的众人报仇。
察台科尔台看在眼里，则是借着孙云杀死相国的契机，想要趁此机会剿灭来运镖局。而回到来运镖局的孙云，完成了与杜鹃的婚事，怕朝廷中的权臣报复，提前让义父还有任光等人，带着杜鹃离开了大都，回到了南方的汴梁，自己则是独自一个人留守在大都城空空荡荡、历经沧桑的来运镖局。
果然，察台科尔台带着重兵压境，而孙云则是独自一人守在这里，誓死守卫镖局。孙云再次唤醒“灵王”的力量，刚想要在城头大开杀戒，却是接到了朝廷的诏令——
潼关被迫，朱元璋大军压境，蒙元社稷岌岌可危。顺帝正式册封孙云为“护国大将军”，让其继承察台王族的遗志，守护大都，守护蒙元朝廷。
孙云虽然绝望，但依旧不忘父亲生前的嘱托，决心靠着自己的残余之力，守卫大都城这片最后的破碎之土……
