有一天，南太平洋被来历不明的迷雾笼罩，迷雾如同黑洞，能将一切接近的波和能量吸入，根本无法侦测其内部。无奈之下，联合国只能派遣舰队冒险进入其中一探究竟。先遣舰队不辱使命，发现了其中的双向空间门并穿越，成功来到另一端：一个与地球无二但没有人类的平行空间。在那里，高等智慧生物只有各个海域深处盘踞着的可怕的深海栖舰，她们是血肉与金属的结合体，无法或不愿与人类交流，并表现出极强的敌意和侵略性。
发现了猎物的深海袭击了穿越而来的人类舰队，因深海数目庞大、极为灵活、破坏力极强，人类舰队几乎全灭。而后，深海开始疯狂扩张栖息区域，将势力一点点逼近时空门后的地球。人类不得已使用了弹道导弹和大规模杀伤性武器，但不是被拦截，就是遭到了特殊立场阻隔或受到某种干扰根本无法起效，一时间情况危急。为了对抗深海威胁，科研人员突破重重技术难关，利用金属原子与专门培养的纯洁少女的细胞相结合，创造出了继承了近现代名舰、足以与深海抗衡的最强生化武器：战舰少女。通过她们的英勇作战，人类终于在核心海域外围建立起军港，作为堡垒抵御虎视眈眈的深海舰队。随着时间的推移，越来越多无惧无畏的战舰少女开赴战场，在海平线刻下属于自己的胜利。
发现了猎物的深海袭击了穿越而来的人类舰队，因深海数目庞大、极为灵活、破坏力极强，人类舰队几乎全灭。而后，深海开始疯狂扩张栖息区域，将势力一点点逼近时空门后的地球。人类不得已使用了弹道导弹和大规模杀伤性武器，但不是被拦截，就是遭到了特殊立场阻隔或受到某种干扰根本无法起效，一时间情况危急。为了对抗深海威胁，科研人员突破重重技术难关，利用金属原子与专门培养的纯洁少女的细胞相结合，创造出了继承了近现代名舰、足以与深海抗衡的最强生化武器：战舰少女。通过她们的英勇作战，人类终于在核心海域外围建立起军港，作为堡垒抵御虎视眈眈的深海舰队。随着时间的推移，越来越多无惧无畏的战舰少女开赴战场，在海平线刻下属于自己的胜利。
