老旧的车厢可能还在被使用，所以才有国铁的标志吧？不过楼主脑洞大开也不得不佩服…

因为云彼的世界是个架空的冷战格局世界，与现实世界有很多微妙的不同，比如冷战没有在92年结束而是一直延续至今，比如日本被南北分割了，比如苏联成功统合了东欧、西亚的各社会主义国家组成了统一的“UNION”，比如美国的第五代战机不是F22而是现实中落败的竞争机型YF23……
同样，如果让我根据动画的世界观来猜测的话，我猜：1、云彼世界里的国铁并没有面临现实中的财务问题；2、云彼世界里的日本成为了类似现实世界里的西德一样重要的冷战前线，军用铁路运输非常频繁，对涉及军事的铁路运输的可靠性、安全性等的要求非常高，以至于在这方面可以不计成本，所以一直保持国铁体制更合适。