大破梁龙
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下任太守徐珪荐举朱儁为孝廉。后升任兰陵县令。朱儁任官，有过人的才能，东海相又上表推荐。正好交州群盗并起，州牧、郡守软弱无能，不能禁止。另外，交趾的梁龙率众万人，和南海太守孔芝一起反叛，攻破郡县。
光和元年（178年），朝廷任命朱儁为交州刺史，前往平叛。朱儁受到任命，回到本郡检选家兵，调发士众，得五千人，分两路直奔交趾。到州界后，朱儁整束兵众，屯驻不动，派使者到南海郡察看虚实，宣扬威德，以震慑敌人之心。接着调集七郡兵士，一齐进逼，终于斩杀了梁龙，逼降几万人，旬月之间，州郡平定。朝廷论功行赏，封他为都亭侯，食邑一千五百户，赐黄金五十斤，并征他入朝任谏议大夫。

讨平黄巾
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光和七年（184年），黄巾起义爆发，朝中公卿都推荐朱儁，说他有才略。于是，朝廷任命他为右中郎将，持节，与皇甫嵩共同出征。
朱儁先与黄巾军波才部作战，失败。皇甫嵩退守长社（今河南省长葛县东北）。波才率大兵包围城。当时，城中兵少，众寡悬殊，军中震恐。皇甫嵩安慰部下，并打算使用火计。天遂人愿，当晚大风骤起。皇甫嵩命令将士扎好火把登上城墙，先派精锐潜出围外，纵火大呼，然后城上点燃火把，与之呼应。皇甫嵩借此声势，鸣鼓冲出。黄巾义军缺乏战斗经验，惊慌散乱，被迫后撤。这时，曹操也奉命赶来，于是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘胜追击。黄巾义军顽强抵抗，数万人惨遭屠戮。
接着，皇甫嵩又和朱儁一起乘胜镇压汝南、陈国地区的黄巾军，并追击波才、进攻彭脱，连连取胜，平定了三郡之地。皇甫嵩上表朝廷，推功于朱儁，朱儁被封为西乡侯，迁镇贼中郎将。
当时南阳黄巾首领张曼成起兵，自称“神上使”，拥众数万，杀郡守褚贡，屯驻宛城（今河南南阳）百余日。后任太守秦颉击斩张曼成。黄巾余兵又举赵弘为帅，人众越来越多，达到十几万人。朱儁、荆州刺史徐璆和秦颉合兵，共一万八千多人，进击赵弘，从六月直到八月，始终不能取胜。有人上奏，要召朱俊回京。司空张温上疏劝阻，他说：“当年秦用白起，燕任乐毅，都是旷年持久，才能够克敌。朱儁讨颍川，已经有功效，率部南征，计划已定，临阵换将，这是兵家所忌的，应该给他时间，让他成功。”灵帝依议。朱儁于是挥兵急攻宛城，杀死赵弘。

黄巾义军又以韩忠为帅，仍然占据宛城。朱儁兵少不敌。于是解散城围，扎下营垒，筑造土山，面对城内。鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。黄巾军全都赶赴应敌。朱儁却自率精兵五千，进攻东北，将士鼓勇，登城而人，韩忠退守小城，惊惧非常，请求投降。
朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之。朱儁不同意，他说：“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海内一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降，那就滋长他们造反的意念，给他们有利就进战，不利就乞降的想法，这是纵敌长寇的策略，不是良计。”说完，下令急攻，但一连数日，都未能攻克。
朱儁登上土山，瞭望黄巾营垒，然后对张超说道：:“我知道了！贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出来不得，所以他们殊死战斗。万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！强攻的害处太大了。不如把包围撤除，集合部队进城。韩忠看见包围已经解除了，一定会自己出来，等他们出来，兵心就散了，这是易于攻破的方法啊。”
于是下令解围。韩忠见围解，果然引军出战，朱儁乘势进击，大破其军，追击十余里，斩杀。韩忠等人只好投降。秦颉杀死韩忠。黄巾余众不能自安，又以孙夏为帅，还驻宛城。朱儁进攻，孙夏败走，朱儁纵兵击杀数万。黄巾因此破散流离。
中平二年（185年）春天，朝廷任命朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯，加位特进。后来因为母亲丧离职。服毕起家，任将作大匠，转任少府、太仆。

击退张燕
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黄巾起义之后，各地农民纷纷起义。其中大声的就自称雷公，骑白马的就自称张白骑，行动轻便的就说是飞燕，胡须多的就号称于氐根，大眼的就说大目，如此多的称号，都各有原因。人多的聚众二三万，小的也有六七千人。其中，以常山人张燕势力最大，他轻勇矫捷，军中都号称是“飞燕”，他善得士卒的爱戴。据众百万，占据黑山，朝廷无法讨平。后来，他遣使至京师，投降了朝廷，被拜为平难中郎将，领河北诸山谷事。
后来，张燕渐渐率兵侵犯河内郡，进逼京师。朝廷任命朱儁为河内太守，率领家兵击退张燕。后来他们大多都被袁绍所讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。

受诏入朝
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初平二年（191年），董卓进入关中后，留朱儁守洛阳，朱儁便和山东诸将通谋，想作内应。后来，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。董卓任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳。朱儁闻讯，率兵还洛阳，杨懿退走。朱儁见河南残破，无法作为屏障依靠，于是引军向东面，屯驻在中牟县。并传信给各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千。其他州郡也派了一些兵来，陶谦便上表奏任朱儁代理车骑将军。董卓闻知后，让他的将领李傕、郭汜率领数万人屯驻河内抵挡朱儁。朱儁出击，被击败。朱儁自知众寡不敌，于是停留关下，不再前进。
初平三年（192年），李傕、郭汜掌权。朱儁当时还在中牟，陶谦认为朱儁是名臣宿将，屡立战功，可以委以大任，于是和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
正好李傕听从太尉周忠、尚书贾诩的计策，派人用天子诏书征召朱儁入朝。两条道路，摆在面前，何去何从，亟待选择。军吏将士都不愿入关，想与陶谦等联合。朱儁却不慌不忙，说出了一番道理。他说：“用天子的命令召臣子，应当不等征召就要去，何况是天子的诏命呢？而且李傕、郭汜是奸乱小人，樊稠是平庸无用的人，没有别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必定发生。我乘他们的不备，突然行动，那大事就可以成功了。”当下辞谢陶谦等人，奉诏入京任太仆。陶谦也只好作罢。

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各有各的处事方法，各有各的道理。朱雋挺不错的

汉室最后的傲骨

孤 纵横天下三十余年、自我们破黄巾、讨董卓、斩吕布、灭袁术、收张绣、亡陶谦、迎天子、屠徐州，雄聚中原；继而败袁绍、征乌桓、诛漠北、以绝后患。即后攻刘表、宰马腾、战马超、逐韩遂、降张鲁，群雄皆灭。唯独“东吴孙权 ”、“西蜀刘备”未曾剿除！
孤承皇命 奉天伐罪
旌旗所向 刘琮束手
荆襄九郡 望风来归
今统雄兵百万 战将千员
欲与足下会猎于江东
共擒刘备 永结盟好
盼足下顺天辑首
以免自误
孟德如吾，今日我借君一言，请足下沐浴净首。与我会猎汉中！！！