99.1％的“面肌痉挛”患者，过去称为“原发性面肌痉挛”，其病因为面神经根在出桥脑段（面神经刚刚从脑干发出的一段）受到走行异常的血管压迫，引起面神经损伤，出现脱髓鞘变，造成神经纤维之间电流“短路”，引发面部肌肉抽动。

近年来大量的临床实践也表明，一旦将血管对神经根的压迫解除，面肌痉挛可立即或逐渐停止，目前，面神经根受到血管压迫导致面肌痉挛的病因学说已得到全世界的公认。由于面肌痉挛的发病病因在颅内，只有从病根上医治才能治愈本病。

继发性面肌痉挛指存在明确诱发疾病者，如面神经外伤或面神经炎引起的周围性面瘫，在恢复期可以引起“面肌连带运动”,特点类似“面肌痉挛”；某些桥小脑角的肿瘤或炎症累及面神经根也可引起本病的发生。经统计，除外伤面瘫后出现的面肌痉挛外，其它继发性面肌痉挛仅占所有面肌痉挛的0.9%。