【先是一些比较明显的矛盾】

·级长扣分问题
第二部：“格兰芬多扣掉五分！”珀西用手指拨弄着级长的徽章，生硬地说，“我希望这能给你一个教训！不要再搞什么侦探活动了，不然我写信告诉妈妈！”
第五部：“我知道级长不能扣分，韦斯莱王。”马尔福挖苦说。克拉布和高尔哧哧地笑了起来。“但是调查行动组的成员——”and“他在吓唬人，”厄尼带着惊讶的表情说，“不可能给他扣分的权力……这也太荒唐了……会彻底破坏级长制度的。”
不用解释了吧，级长到底能不能扣分……

·所有变坏的巫师都出自斯莱特林
从事实角度讲，格兰芬多的小矮星彼得是黑巫师；从当时人们所掌握的错误情报角度讲，格兰芬多的小天狼星布莱克是黑巫师。
喂喂，这就是明摆着冤枉人啊。

·保护挂坠盒魂器的魔药
雷古勒斯调换挂坠盒的时候，喝干了魔药。邓布利多拿取假挂坠盒的时候，又喝了一次魔药。
第七部：刹那间，他低头看见一只石盆，里面的药水已经变清，他看到药水下面的金挂坠盒不见了——
这就证明，石盆里的药水是不会自动加满的。
谁能告诉我，这魔药是谁加的？

·莱斯特兰奇夫妇
第四部：“莱斯特兰奇夫妇应该站在这里，”伏地魔轻声说，“可是他们被活埋在了阿兹卡班。他们是忠诚的。他们宁肯进阿兹卡班也不愿背弃我……当阿兹卡班被攻破之后，莱斯特兰奇夫妇将得到他们梦想不到的奖赏。摄魂怪将加入我们……他们是我们的天然同盟……我们将召回被驱逐的巨人……我将找回我所有忠诚的仆人，重新拥有一批人人畏惧的神奇生物……”
这不科学，贝拉特里克斯·莱斯特兰奇活得好好的……

【下面是一些没有明确的矛盾，但可能有一些歧义的地方】

·石化恢复问题
从第二部来看没有什么问题，但是如果放到整套书中就有一些矛盾了。
当时的情况是，大家都相信那些被石化了的人是知道攻击者的身份的，那么尽快使这些人恢复原状就是一件十分重要的事。更何况上一次密室开启还造成了死亡事件。
在这种情况下，为什么不能把受到石化攻击的人送到圣芒戈魔法伤病医院。既然石化恢复的解药有明确的配方，应该说明这还是一种比较常见的黑魔法造成的伤害。圣芒戈医院应当有解药的存货，退一步讲，全国应该不会只有霍格沃茨一个地方有曼德拉草种植。

·日记魂器？杀人？
在第二部中，里德尔说过：“是啊，自从海格被开除后，他就一直密切地监视着我，非常讨厌。我知道，我在学校的时候再打开密室就不保险了。但是我不想把这么多年寻找密室的努力付诸东流。我决定留下一本日记，在那些纸页里保存那个十六岁的我，这样，有朝一日，凭借运气，我就可以引导另一个人沿着我的足迹，完成萨拉查·斯莱特林高贵的事业。”
可以看出，里德尔产生制造日记魂器的念头是在海格被开除后，也就是桃金娘死后。
按照制造魂器的理论，应该是当时就要施咒语分裂灵魂的，否则靠着伏地魔以前积累下的那么多条人命，就没有必要用麻瓜弗兰克的死将纳吉尼变为魂器了。
还有一个存疑的地方。确切的说，杀死桃金娘的应该是蛇怪而不是伏地魔本人。就是说诱导杀人也是分裂灵魂的手段？

·虫尾巴学院问题
实在是无法理解为什么彼得会被分到格兰芬多。虽然勇气有很多种，但是应该不包括背叛朋友的勇气吧……
而且第三部中彼得说过一句话——“拒绝他，有……有什么好处？”
并不考虑一件事正确与否，只是考虑利益问题。这很明显不是一般格兰芬多人的思维方式。

·四人组外号
第六部：“走背字了吧，尖头叉子，”小天狼星快活地说着……
在这个场景中，小天狼星是当着斯内普的面喊了詹姆的外号，看起来这些外号并不是四个人秘密使用的，而几乎是公开的。
那么第三部中，斯内普看到尖头叉子、大脚板、月亮脸、虫尾巴的署名，几乎不该一点印象都没有。

·莉莉和詹姆赤胆忠心咒保密人
其实综合来看，选小天狼星来做保密人本来就不是一个好的选择。既然明知伏地魔会来追杀盘问保密人，那让伏地魔害怕的邓布利多来做保密人不是更好的保护了波特夫妇和小天狼星的安全？
而我最想吐槽的是，如果让詹姆自己来做保密人，并且始终呆在房子里……是不是问题就解决了？

·预言球
伏地魔那么麻烦的通过利用哈利来得到预言的全部内容，可是在第五部最终的大战中我们发现，得到预言球的内容有一个很方便的方法——打碎它！
顺便吐槽一下，既然伏地魔你已经跑到了魔法部去了，何不自己去把预言球拿走呢。
Ps：而且不管这么说，小说中还是没有解释为什么哈利一行人到达魔法部时大厅里一个人没有。

【最后是一些有点奇怪的魔法事物和魔法原理】

·幻影移形必须使用魔杖
这个严格意义上不能叫bug，只是楼主的一点疑问。简单地说，就是魔力的最终来源。
首先，从莉莉小时候玩秋千飞起来（第七部）和里德尔小时候用魔法吓唬孤儿院的其他孩子（第六部），我们应该可以确定。施法的首要条件不是有魔杖，也不是会念咒语，而是施法者本人是个法师。那么，魔杖的作用应该类似于引导出施法者的法力、强化力量之类的。
可是从后来的各场战斗中，基本上巫师丢了魔杖就什么都不是了……这就是说，在学习魔法之前，巫师在任何情况下都可以放出简单的魔法。可学习魔法之后，一旦失去魔杖就会完全失去魔法能力？
个人觉得，像幻影移形这样不需要念咒，完全靠施法者的意志力的魔法好像不应该有必须携带魔杖这样的限制。