战国时称“阿”或“阿邑”。
秦朝改阿邑为东阿，立东阿县，属东郡。东阿始置县时，县治在今阳谷县境内，其管辖境含阳谷县大部分。东以济水为界，与谷城县相分；东南及南部为须昌、寿良地，西南及西部为今莘县、聊城，北及东北为茌平、临邑县地。
汉承秦制。至北魏时，治所东迁，原治所渐为黄水淤废。其后因屡遭黄河泛滥之灾，县城治所屡有搬迁，但都在方圆百里之内。
南北朝时期，东阿、谷城两县曾出现合分、分合局面。刘宋孝武大明元年，东阿并入谷城；后魏，恢复东阿县；北齐，谷城并入东阿。此后，谷城县不复存在，县城亦随之废弃。东阿境域扩大。东及东南遂与肥城、东平相连。
隋朝置阳谷县，东阿西南部划出属之。《续山东考古录》载有“隋置阳谷县，约得汉东阿地十之六、七”及“阳谷县，后魏东阿地”的记述。《阳谷县志》也有明确记载：“城东五十里有阿井，此井旧属阿邑，今并属阳谷县。”北宋太平兴国后，因黄河冲积，北部邻边县卢县（今铜城西部）废，部分划归东阿。铜城镇自宋为东阿地。
至明代洪武年间，迁至谷城县，即今平阴县东阿镇，改谷城为东阿县——明初，县址迁至东阿镇（今属平阴）。时县境南北长50公里，东西宽32.5公里；东至平阴县界7.5公里，西至阳谷县界25公里，南至东平州界17.5公里，北至茌平界30公里。
清代，境域略有变动，县境南北长45公里，东西宽27.5公里。县城至边界县距离，除西至阳谷县界缩短5公里外，其余与明代同；东北至平阴县界7.5公里，东南至东平县界15公里，西南至寿张县界30公里，西北至聊城县界22.5公里。
民国初期，境域与清同。1932年，东阿与阳谷邻界的部分村庄作了调整。抗日战争和解放战争时期，为适应对敌斗争的需要，东阿周边地区曾归属平阿、张秋、徐翼、河西等县。1947年冬，县机关迁驻铜城。
1949年8月，东阿境域界定。原属东阿黄河以东村镇及西南张秋一带划出，原属平阴、聊城的部分地域并入东阿，茌平与东阿交错为邻的村庄，以赵牛河为界北归茌平、南属东阿。
直至抗日战争时期，1940年建立了抗日县政府，1947年黄河西政治安定，县政府又迁铜城，即今东阿县城所在地。
建国后，以黄河为界，重新划定辖区，东阿镇属平阴县。由此形成了今天的格局。