蜥蜴，即可作为一个单独的目——蜥蜴目LACERTIFORMES ，也可作为爬行纲有鳞目Squamata的一个亚目——蜥蜴亚目Sauria来对待，和蛇亚目Serpentes并列，这是分类系统的不同，我比较习惯用蜥蜴目。目下共有4个亚目。
依照不同的分类系统，蜥蜴分科具体数量有所不同，我喜欢用18科的系统。18科如下：
Agamidae 鬣蜥科（飞蜥科【台】）
Iguanidae 美洲鬣蜥科（鬣蜥科【台】）
Chamaeleonidae 避役科（变色龙科）
Gekkonidae 壁虎科（守宫科【台】）
Pygopodidae 鳞脚蜥科（尾肢蜥科）
Cordylidae 非洲蜥蜴科（环尾蜥科、铠鳞蜥科）
Scincidae 石龙子科
Lacertidae 蜥蜴科 （正蜥科）
Teiidae 美洲蜥蜴科
Xantusiidae 黄蜥科（夜蜥科、疣蜥科）
Dibamidae 双足蜥科
Anguidae 蛇蜥科
Anniellidae 蠕蜥科（北美蛇蜥科）
Helodermatidae 毒蜥科
Xenosauridae 异蜥科
Shinisauridae 鳄蜥科
Lanthanotidae 拟毒蜥科（婆罗蜥科）
Varanidae 巨蜥科
此外楔齿蜥（喙头蜥）不属于蜥蜴，虽然其外形近似蜥蜴，但是骨骼结构和蜥蜴相差很多。单列为喙头目。蚓蜥类亦不属于蜥蜴，在有鳞目的系统内地位和蜥蜴亚目同等，为蚓蜥亚目。也可作蚓蜥目与蜥蜴目并列于爬行纲中。在此同样作介绍。
另外说一下，学名是拉丁文不是中文，这点不要搞混了。正式的中文名字称为中文正名，不过市场上交流很多蜥蜴的名字，尤其是外国种，很多都不是正式的中文名字，多是英语直译或者自行臆想，故此贴里给出的名字基本都是正式的中文名，至于市场俗称也会提及。因为是写分类，所以还是用从分类角度取的正式中文名好，老实说有些市场的俗称挺没有节操的。

喙头目Rhynchocephalia
楔齿蜥科Sphenodontidae
楔齿蜥属Sphenodon
这是一个古老的目，属下仅存1科1属2种，所以被称为活化石。头部具有顶眼，既有“第三只眼”不过此眼只能感光，不能成像，两种为楔齿蜥Sphenodon punctatus和斑点楔齿蜥Sphenodon guntheri，斑点楔齿蜥已于上世纪灭绝。仅分布于新西兰，属于世界级珍稀动物，于鸟类同居在洞穴中，夜行，以昆虫，鸟类为食，尾能自断，但是再生不完全。寿命很长。

中文正名：楔齿蜥 学名：Sphenodon punctatus 别名：喙头蜥 商家和玩家的俗称太没有节操，不列了。此种不属于蜥蜴，切记。

接下来进入正题
鬣蜥亚目 Iguania
鬣蜥科 Agamidae
体型小至中大型，头背没有对称大鳞，附肢长，体表鳞片经常起棱，不少种类背部中央的一排鳞片通常隆起，称为鬣鳞。舌短，不分叉或微分叉，平时不吐出，仅在饮水与捕食时吐出，可以粘附昆虫。多数捕食性，少数植食性。分布于亚洲大陆，非洲大陆，澳洲大陆，区域为古北界，东洋界，热带界，和澳洲界。以东洋界种类最为丰富。台湾将此科译为“飞蜥科”，将美洲鬣蜥科（见下文）译为“鬣蜥科”。个人感觉不妥。

中文正名：鬣蜥 学名：Agama agama 别名：普通鬣蜥 市场俗称：彩虹飞蜥
鬣蜥科的模式种，鬣蜥科学名的由来是以其种名定属名，再订科名。有颈鬣，背鬣不发达，具有变色的能力。主食昆虫，分布非洲中部。

中文正名：石鬣蜥 学名：Agama atra
和普通鬣蜥同属的物种，同样有变色能力，分布南非山区，以昆虫为食。

中文正名：新疆岩蜥 学名：Laudakia/Agama stoliczkana 别名：新疆鬣蜥。
有的分类学家将原鬣蜥属（Agama）中的部分种类分出，成立岩蜥属Laudakia，分布中国新疆，主食昆虫，偶食植物。

中文正名：荒漠蜥 学名：Psammophilus dorsalis
繁殖期颜色会变得艳丽的鬣蜥，分布印度的高原上。以昆虫为食

中文正名：丽棘蜥 学名：Acanthosaura lepidogaster 市场俗称：高山角龙，十字领蜥
棘蜥这个属的特征是具有眶后棘（但是具有眶后棘的并不一定是棘蜥）。具有一定的变色能力，雄性较为艳丽，雌性较为暗淡。分布华南及东南亚的阔叶林和雨林中，以昆虫为食。

中文正名：丽纹攀蜥 学名：Japalura splendida 别名：丽纹龙蜥
攀蜥属的物种具有颈鬣，但背鬣不发达。主要分布亚热带地区的树林中。此种鼓膜具鳞片，眼下与上唇鳞之间的黄白条纹是其主要特征。是国内市场上最常见的蜥蜴之一。该种为中国特产，分布华中及西南地区。

中文正名：草绿攀蜥 学名：Japalura flaviceps 别名：草绿龙蜥
与丽纹同属的种类，区分是不具有丽纹那样的眼下和上唇鳞之间的黄白条，草绿的眼周具有辐射状黑纹，丽纹则没有。该种同样是中国特产，主要分布华中地区。

中文正名：琉球攀蜥 学名：Japalura polygonata 别名：琉球龙蜥
该种主要分布日本，个人感觉是攀蜥属里最漂亮的物种，尤其是图里的J.p.ishigakiensis亚种。另外黄口攀蜥，就是该种在台湾的亚种，J.p.xanthostoma。

中文正名：树蜥 学名：Calotes calotes 别名：普通树蜥，绿树蜥
树蜥属的模式种，具有发达的背鬣和颈鬣，具有较强的变色能力。身体绿色带有白纹，雄性的头部能够变成鲜红色。分布印度及斯里兰卡。

树蜥属的另一个物种。该种同样具有变色能力，并且变色的差异会较大。该种具有眶后棘，即眼睛后面的一枚小刺。这是区分它和其他树蜥的依据之一。图中可以清楚的看到。国内分布华南地区，国外分布东南亚。

中文正名：白唇树蜥 学名：Calotes mystaceus
树蜥属的另一个种类，身体也能变色，分布东南亚中南半岛，中国云南也有分布。以昆虫为食。