密宗分四部，即“下三部“与“无上密”。所谓下三部是：事密、行密、瑜伽密。
下三部相传由龙树传出。时约当释迦涅槃后三世纪项，树开南天铁塔，亲得金刚萨现身灌顶，受“金刚界”与“胎藏界”两部大法，斯即为下三部的经典，称为“下三续部”。
此三部密法，于唐开元四年由善无畏传入中国；其后金智与不空三藏接踵而来，称为“开元三大士”，汉土由是始有密法。
于唐末，日僧空海来华，随惠果阿阇梨受金胎两部大法，回国弘扬，遂成“东密”一派，又称为“真言宗”。而汉土密乘受明代禁止，反形衰落，民国以后由日本反哺，真言宗始稍恢复旧观。
至于西藏，所传密宗则有无上密部，且以之为重心，下三部密不过点缀而已，由是“藏密”传承便与“东密”大异其趣。
关于无上密的源流，学者一向以为是由下三部密衍化而成。据考证，恰好相反，密乘应先有无上密，然后始向下建立为三部。传无上密人西藏的祖师，是莲花生大士，其后阿提沙尊者入藏，另有传授，于是藏密便俨然分成新旧两个系统。莲师所传者称为旧派，即宁玛派；而继承阿提沙发展者，则为格鲁派。前者俗称红教，后者俗称黄教。
除此两派之外，尚有由旧派裂出之萨迦派，俗称花教；又有由冈波巴赴印度求法后开创的噶举派，俗称白教。于是红花白黄，便成为西藏密宗的四大流派。
于民国初年，四派大师相继来汉土弘法，于是东密真言宗之外便另有藏密一系，至今已声势鼎盛，唯传法者则品流复杂，甚至伪师伪法充斥，故今日学藏密宗者实不能不小心也。
分别师法真伪，首重传承来历，其次须看其见地。若不知“中观见”、“密宗见”为何物者，必为伪师无疑。至于宁玛派，则尤重“大圆满见”。