《博德之门 3》正式版一共有三章。各章节的主要地图如下：
第一章：林地、幽暗地域和养育所。
第二章：阴影之地、莎尔神殿和夺心魔巢穴。
第三章：下水道、小房间密室、博德之门和飞龙关。

三章。
第一章：地图包括林地、幽暗地域和养育所。在序章中，玩家可以见到被困的影心，并解救她。螺壳号坠毁后，在海滩叫醒影心，她会随行。在靠近地精营地时，也能获得她持有的遗物。
第二章：地图包括阴影之地、莎尔神殿和夺心魔巢穴。进入“莎尔试炼场”后，影心会提出完成试炼。在莎尔的囚牢里找到“暗夜之歌”，会出现主要分歧点，影响影心的职业和装备。
第三章：地图包括下水道、小房间密室、博德之门和飞龙关。在进入第三章前，需要同艾琳二人对话，得知影心的身世。前往下城区的“哀伤之邸”，触发剧情，并在莎尔的神殿内作出抉择，最终影响影心的命运和游戏的结局。