在过去很长的一段时间内，由于孤独症谱系障碍医学上没有好的治疗方法，康复干预成了主要的治疗方法，康复干预是一种特殊教育形式，目的在于训练患儿各种技能，通过社交能力训练、语言表达能力训练、动作协调训练等干预，达到促进患儿语言、社交和运动等各方面的改善和提高。
由于医疗资源有限，大多数孤独症康复干预在特殊教育机构进行，目前康复干预内容非常丰富，各种干预课程，如实用行为分析（ABA)、结构化教学(TEACCH)、图片交换交流系统(PECS)、关系发展干预(rdi)、感觉统合疗法(SIT)、听力统合治疗(AIT)、生物疗法(BT)等等，这些课程想必广大家长都很熟悉，让家长头痛的是，虽然患儿长期、密集地接受这些经典的康复课程训练，但患儿真正有提高的不多，患儿的进步仅限于会模仿说话，能够听懂简单的指令做一些简单的事情，即使轻症患儿接受康复训练进步神速，能够和正常儿童一样走进普通学校的课堂，但其残存症状将陪伴其终身，说明康复训练确实有效，但疗效有限不令人满意，大多数孩子接受康复训练所获得的技能，如同训练小动物，不能改变孩子的命运。医学专家认为孤独症医学上没有有效治疗方法，是不可治愈的疾病，不打针、不吃药的康复教育就是灵丹妙药？这要从本质上进行分析，孤独症谱系障碍是一种慢性脑病，脑PETMRI显像发现孤独症患儿大脑存在多发性、复杂性功能损害，这些功能损害不可能通过老师的嘴治愈，但大脑的知识是后天装进去的，是通过学习获得的，在学习过程中确实也能促进患儿大脑发育，但很难改变患儿脑内功能损害，脑内功能损害需要积极地医学干预，孤独症还合并很多共患病，如癫痫、注意力缺陷多动障碍，学习障碍、记忆力障碍等等，这些共患病很容易通过脑PETMRI代谢显像图像所显示的脑功能损害得到解释，其中癫痫是不可能通过康复训练得以控制的，癫痫不能控制就会对孤独症患儿大脑造成持续性损害，注意力缺陷多动障碍是脑内眶额叶代谢异常增高引起，长期、持续的高代谢状态会影响到全脑代谢功能，会对孤独症患儿大脑造成持续性损害，这也不可能通过康复训练得到改善，因此孤独症需要积极寻求医学干预，只有脑内功能损害得到改善，患儿的大脑能够有效接受外来信息，康复干预才会发挥其有效作用，如果大脑不能接受外来信息，康复干预就是在做低效的无用功。核医学康复治疗技术能显著改善患儿的大脑功能，十几天的治疗远超多年康复干预效果，如患儿接受几年感觉统合训练也许会取得明显的进步，但采用核医学治疗几天所取得的效果就远超几年感统训练效果，书写是精细动作，许多患儿接受几年康复训练，其精细动作难以改善，但接受核医学治疗后几天其精细动作就有明显改善，字体写的规范，下图患儿接受治疗前后字迹变化，左侧为治疗前，右侧为患儿接受治疗四天后的字迹，两者对比变化明显。核医学治疗后脑功能的变化是能够通过治疗前后PETMR脑功能图像对比清晰可见的，因此孤独症患儿的治疗应该首先回归医疗本质，首先接受治疗改善大脑功能，其次才是康复训练。