张居正死后居然遭到皇帝如此无情的惩处，是他本人生前始料不及的，这是张居正的悲剧，也是大明王朝的悲剧。万历皇帝在平反刘台等人冤狱的同时，亲手制造了一桩更大的冤案，留给他的子孙去平反，这种讽刺是令人无限感慨的。
天启二年(1622)，熹宗皇帝朱由校宣布给张居正恢复名誉，保留他生前的官职头衔，给予祭葬礼仪（因为神宗皇帝曾经扬言“本当斫棺戮尸”），没有变卖的张府房产全部发还。
崇祯三年(1630)，思宗皇帝又给张居正的儿子恢复名誉，给还他们曾经拥有的功名、官职与诰命。

为什么会有这样大的转变？这两位皇帝都看到了张居正的功绩与价值。人才难得，天启、崇祯两朝迫切需要像张居正那样的内阁首辅出来力挽狂澜，表彰张居正，就是为官僚们树立一个榜样。当时人林潞对此颇为感慨，写了一篇《张江陵论》，当大明王朝国将不国之时，皇帝刻骨铭心地思念张居正，与张居正之后的内阁首辅加以比较，而后知道，得到庸碌人才一百个，还不如救国救时人才一个。这“一百个”都不如的“一个”，就是张居正。后人有感于此，在张居正江陵故宅题诗抒怀，其中两句这样写道：
恩怨尽时方论定，封疆危日见才难。

一个政治家的功过是非，一个人的历史价值，要经过如此巨大的波折才能够论定，不免令人仰天长叹！
德国历史学家兰克曾经说过，历史学家的眼光，应该是客观的、冷静的、无色彩的。
用客观冷静的眼光看待张居正，尽管他有各种各样的弱点，但是，他忠心耿耿辅佐小皇帝，为革除积弊，创建新政，呕心沥血，鞠躬尽瘁，功绩是不可抹杀的。《明神宗实录》的纂修官，能够摈弃门户之见，给张居正的“盖棺论定”，写得还算平直公允，较少意气用事的成分。刻画张居正的个性，“沉深机警，多智数”，受命于“主少国疑”之际，独揽大权，辅政十年，政绩卓著：“海内肃清，四夷詟服”，财政经济方面，扭亏为盈，“太仓粟可支数年，冏寺（太仆寺）积金钱至四百余万”。然后用十五个字来概括万历新政的成就：“成君德，抑近幸，严考成，清邮传，核地亩。”总括成一句话：“洵经济之才也”——实在是经世济国的人才啊！

功不可没，是《明神宗实录》对张居正的总体评价；另一方面，也指出他的过失，尽管过不掩功，也足以使他陷入无法摆脱的困境。这段话写得非常深刻，原文照抄如下：
褊衷多忌，小器易盈，钳制言官，倚信佞幸。方其怙宠夺情时，本根已斫矣。威权震主，祸萌骖乘。何怪乎身死未几，而戮辱随之也。识者谓：居正功在社稷，过在身家。

心胸狭窄、猜忌多疑的秉性，形成钳制言官、倚信佞幸的弱点，这种秉性与弱点最终导致皇帝对他由宠信到反感的转变，引向悲剧的结局，根源是“威权震主，祸萌骖乘”。这个悲剧，在他“夺情起复”时已经有所显露，所以《实录》的编者会说：“方其怙宠夺情时，本根已斫。”悲剧的表现形式十分独特——“功在社稷，过在身家”。就像海瑞所说：“居正工于谋国，拙于谋身。”

所谓“拙于谋身”“过在身家”云云，根源就是“威权震主，祸萌骖乘”。万历时期担任礼部尚书、内阁大学士的于慎行对此有入木三分的评论，可以和《明神宗实录》互相印证。他这样说：万历初年，张居正掌权，与冯保互相倚靠，共操大权，对于辅佐皇帝并非没有益处。只是凭借太后支撑，挟持小皇帝，束缚钳制过分，使之不得伸缩。皇帝年龄虽小，心中已经默默忌恨。因此祸机一旦触发，就不可挽回。世人只看表象，以为张居正打击、钳制言官，执政过于操切，是导致祸患的原因，以为“夺情起复”，以及儿子进士及第，是得罪的根本。这些现象当然存在，但不足以导致张居正身败名裂。最根本的原因是“操弄之权，钳制太过”八个字。

操弄之权，钳制太过”，是对皇帝而言的，也就是“威权震主，祸萌骖乘”。在这一点上，张居正与霍光有着惊人的相似之处，无怪乎他在权力巅峰时刻，忧心忡忡地感叹，已成骑虎难下之势，可能会有霍光那样“祸萌骖乘”的下场。
这当然是有个过程的。起初，实在是出于形势所迫，他自己别无选择；后来，则逐渐忘乎所以，有意为之了。

这样的内阁首辅，在明朝历史上是绝无仅有的。晚明学者沈德符就认为张居正权力之大，本朝没有人可以与之比肩，请看他的原话：“（张居正辅政）宫府一体，百辟从风，相权之重，本朝罕俪，部臣拱手受成，比于威君严父，又有加焉。”所谓“宫府一体”云云，就是把皇帝与政府的事权集于一身，因此说他是本朝权力最大的内阁首辅。对于这一点，张居正本人并不否认，他经常对下属说：“我非相，乃摄也。”所谓“摄”，就是摄政，代替皇帝执政。
这就是张居正悲剧的根源。

这种悲剧的根源，张居正生前其实已经意识到了。他在给湖广巡抚朱琏的信中，透露了自己内心的忧虑：“盖骑虎之势自难中下，所以霍光、宇文护终于不免。”伴君如伴虎，骑虎难下之势，他是知道得一清二楚的，这就是《汉书·霍光传》的警句：“威震主者不畜，霍氏之祸萌于骖乘。”
“威权震主，祸萌骖乘”，在帝制时代似乎是一种规律，原因是多种多样的。霍光是一个类型，张居正则是另一种类型，皇帝都是在他们死后进行报复，惩罚他们的家族。对于霍光而言，皇帝的报复已经显得过分，难以得到史家的认可。对于张居正而言，更加显得有失公平合理，而且给后世留下了负面影响。林潞《张江陵论》说得好：“（张江陵）奠安中夏者垂十年，至江陵殁，而享其余威，以固吾圉者又二十年。”这是在肯定张居正的万历新政，不仅使得万历最初的十年得以安定，而且使得此后的二十年仍然享受到他的余威，使得天下安定了二十年。读者诸君或许以为林潞的这一观点，不过尔尔，那么请看他下面的论述：“自江陵殁后，而诋江陵者非惟自轻，而卒以误国，庙堂诸老委蛇无建白，而使神考轻宰相、恶谏官，燕安无忌，矿使四出，宫闱挟宠，九列无官，朝堂不御，封疆大患，帷幄无谋，以门户筹边，以朋党任将。一误再误，宦寺乘之，而国不可为矣。”

这一段沉痛而深刻的反思，把“清算张居正”的负面影响讲得十分透彻，为了说明其严重程度，竟然用了“误国”二字，看似夸张，实则恰如其分。最大的后遗症就是，此后的内阁首辅都庸庸碌碌，无所作为，使得皇帝轻视内阁首辅，厌恶言官，无所顾忌，于是乎万历后期的一系列弊政纷纷出现。所谓“矿使四出”，指的是皇帝为了聚敛财富，派遣矿税太监，地方受到莫大骚扰，太监中饱了私囊，宫廷并没有增加多少收入。所谓“宫闱挟宠”，指的是皇帝宠信郑贵妃，迟迟不册立朱常洛为皇太子，图谋册立郑贵妃之子朱常洵，于是引出许多政治事件，例如“三王并封”“妖书案”“梃击案”。神宗皇帝索性借口身体有病，停止上朝，懒于批阅奏疏，致使朝廷各部门官员退休以后不再增补，政府机构运转不灵。而官僚队伍分化瓦解，拉帮结派，热衷于朋党之争，最终导致天启年间魏忠贤的“阉党”专政，政治腐败到了极点。这就是林潞所说的“宦寺乘之，而国不可为矣”。
待到国将不国之时，天启皇帝和崇祯皇帝才想起了昔日的功臣，以激励臣民，力挽狂澜，然而为时已晚了。

都是文抄公的老调

钳制言官，倚信佞幸
佞幸，谁啊，戚继光，张学颜，潘季驯

方其怙宠夺情时，本根已斫矣
夺情，多大事！？怎么海瑞不上书，李贽不攻忤？历代皆夺情，明朝以往也有多例，人家怎么P事没有，怎么本根好好的啊

威权震主，祸萌骖乘。何怪乎身死未几，而戮辱随之也。识者谓：居正功在社稷，过在身家。
这不扯吗？太师是摄政，专权是尽责尽职，武侯，伊尹，周公，难道不专权，难道不震主，祸萌骖乘了吗