食物经过小肠的消化和吸收，剩下的残渣进入大肠(结肠)，结肠内同时存在有益菌和有害菌，有害菌能产生对人体有害的毒素和有害气体，有益菌能产生对人体有益的物质，如B族维生素，短链脂肪酸，益生菌的食物是善食纤维，并不是所有的纤维素都叫善食纤维，善食纤维的分子量介于淀粉和纤维素之间。
益生菌是定植在结肠黏膜上的，与人是一种共生关系，当结肠适合益生菌生长繁殖时，益生菌大量繁殖，有害菌会受到抑制，当结肠内环境不适合益生菌生存时，有害菌会大量繁殖，有益菌受到抑制。补充益生菌当然好，然而溃疡性结肠炎患者的肠黏膜受到了免疫系统的攻击，已经不适宜益生菌的生存，补充益生菌就象在沙漠里栽树，只能是栽了又死，死了又栽，改善肠道内环境才能从根本上解决问题。