根据我的理解，勇者斗恶龙11在Switch上的11s版本中，切换2D和3D模式时，游戏章节确实会有所不同。当你从3D模式切换到2D模式时（或者反过来），你会回到当前所在章节的开始处，而不是从你存档的地方继续。这意味着你的等级、物品和装备都会保留，但游戏进度会被重置。至于你说的3D模式遇到的问题，可以尝试切换到2D模式看看是否能解决问题。但是，要确保你的游戏进度在不同的章节之间是分开的，否则如果你在2D模式下的进度与3D模式下的进度混淆了，可能会导致游戏出现错误。以上信息仅供参考，如果问题仍然存在，建议查看游戏官方网站或者联系游戏客服以获取更准确的解决方案。