明朝的国祚正统在1644李自成的大顺军打进北京、崇祯帝在煤山自缢之后，就已经被端掉了，从1368年明太祖朱元璋开国建明开始一脉相承的朱家皇室统治就正式结束了，也被视作退出历史舞台了
至于南明，为什么几乎不被史学界承认为明的延续，是因为：之后的南明存在时间很短，并且实际控制范围在不断缩小直至被清吞没而覆灭；还有一点就是满清入主之后的官方抹掉和不承认
明朝京师北京被李自成率领的大顺军攻陷后，明朝宗室先后在南方成立朝廷，沿用“大明”国号。但由于清兵入关之初宣称“天下取自于贼，而非明”。立足未稳之时便着急诏修《明史》，目的显而易见。以此宣告明朝已亡，不再承认南明朝廷的合法性，所以清朝官方即在南明君臣称呼上加“伪”加以区别“前明”；比如：“伪永历”、“伪晋王”，称呼加“伪”是对南明朝廷的蔑称。辛亥革命以后官方开始把这段历史改称为“南明”或“后明”