在《第二次机器人大战Z》游戏中，共有两个操作的母舰，它们分别是DC母舰和AC母舰。DC母舰是沿用自第一部机器人大战的母舰，“DC”代表“地球联邦”。它是人类阵营的主要基地，可以进行人员配置、机体改造、购买装备、储存资源等操作。在游戏剧情中，DC母舰也会遭受到敌方势力的攻击，并需要进行防御和反击。AC母舰则是自第二部机器人大战开始出现的母舰，“AC”代表“天幕座圣殿骑士团”。它是对抗人类阵营的主要基地，拥有自己的生产线和机体改造能力。在游戏剧情中，AC母舰常常作为敌方势力的指挥中心，玩家需要攻击并摧毁它来完成任务。