是的，黑摩托车交警扣的会查出来。根据《公安部关于印发〈黑摩托车管理办法〉的通知》，机动车管理所应当将黑摩托车及其行驶证信息上传到本地和省级公安机关机动车信息库，以供下一步使用和相关工作。因此，当交警对违法行为进行处理时，也可以在数据库中进行快速定位和处理。