相当于读取存档

或者说第一次救克里斯之后已经造成世界线出现了细微的变动，导致第二次去救的时候已经跟第一次不是同一条世界线上的事情了。

按铃羽说的就是时间穿越会造成世界线微小变动，所以第二次去救助手的世界线并不是第一次去的世界线

游戏里有专门的解释，动画省去了是挺麻烦的

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要从根源解决这个问题其实没那么简单。
第一层面：就拿你的例子来说，dmail改线不会更改玲羽回溯的次数，仅仅是更改玲羽回溯的过程。但ep24是在同一条线上连续回溯了两次，因此这种说法站不住脚。
第二层面：时间机器导致的世界线变化。这也是官方在剧情里给出的解释。看似很有道理，实则没有解释根本的原因。因为如果世界线会变化，为什么在ep1就存在回溯的玲羽？这一存在本身就意味着“时间机器回溯”这件事是被收束的，因此ep23回溯时理论上不会有大的变化才是。
第三层面。问到这个地步才能接触到最深层的原因：根本原因是收束。β的未来是三战，所有的行动是为了三战服务，包括拯救助手导致失败这个过程。所以时间机器是必须回溯到728的，但有不能存在2个时间机器，因为会导致悖论（同一时间点即地点同时出现两个时间机器，导致回溯拯救助手这一过程出现问题，影响三战收束），因此最终世界收束为了有且仅有一个时间机器出现在728的当时。

我怀疑我还在同一个梦里没醒过来

就好比那是一个存档点