雍正十三年（1735）﹐清世宗以清江浦慈云庵为大觉圆寂之所﹐诏拨淮关银照大丛林式兴建﹐置香火地﹐命内务大臣﹑淮关监督年希尧督建此寺﹐钦赐《慈云禅寺》匾额﹐改庵为寺﹐至乾隆四年（1739）大功告成。
这个寺现在都是江苏的一个重点寺庙