陕西中医药大学下辖有9个院校。其中包括:应用中医学院、全科医学院、中药学院、国际文化交流学院、继续教育学院、基础医学院、护理学院、中西医结合学院以及人文学院。应用中医学院是陕西中医药大学的核心院校,专业方向涵盖中医学本科、中医学硕士和博士。全科医学院则主要开设全科医学本科,中药学院开设中药学本科、硕士和博士专业。国际文化交流学院主要提供语言及文化交流、汉语国际推广、中外文化比较研究等服务;继续教育学院开设继续教育本科、硕士和博士专业;基础医学院设有基础医学本科、硕士、博士及体检护理、护理思想及护理管理、药学、药剂学、药物分析学等本科专业;护理学院开设护理学本科、护理学硕士和博士;中西医结合学院开设中西医结合医学本科、硕士及博士;人文学院主要开设健康管理学本科。