黄豆芽主要是由种子胚轴发育而来。黄豆和绿豆是双子叶植物种子，萌发的过程是：胚根首先发育成根，随着幼根的生长，胚轴逐渐在伸长，将两片子叶带出地面，子叶展开，露出胚芽，胚芽发育形成茎和叶。黄豆芽主要是吃黄豆种子中胚轴的部分，在萌发过程中，胚轴发育成连接茎与根的部分，也是豆芽的主要食用部分。