在手机上删除《命运石之门》游戏存档的方法是：首先打开设置，点击应用管理或者应用权限，然后找到《命运石之门》游戏，点击“清除数据”或者“清除缓存”，就可以清除游戏中已保存的存档。不过要注意，该操作会导致游戏数据彻底清除，无法恢复，所以一定要慎重使用。