火炬之光2的飞行系宠物是可以越过障碍的。由于它们拥有了自主飞行的能力，因此它们能够根据玩家的去向自由调整路径，可以将障碍物绕过去，避开碰撞。此外，火炬之光2中的飞行系宠物还配备了一系列先进的功能，比如自动避障、自动返回等，使得它们可以更好地越过障碍。