普通昆虫学分类依据主要是根据特征外形、颜色、性状、器官系统等。依据略有不同，一般可以分为分类学层次、形态学层次和生物学层次。分类学层次依据按形态外观分类，根据普通昆虫的动物界、门、纲、目、科、属、种等层次划分，形态学层次依据按昆虫体表面形态特征进行不同层次分类，如根据口器系统、颌头部位、体表外形等，生物学层次依据生理、生化组成和生态学特征，如生殖特征、行为特征、繁殖方式、食性、同伴关系等。现代昆虫学分类还可以在基因水平上进行分类，根据普通昆虫各个基因的高度相似性分类，以及基因组信息和蛋白质组学信息，比较不同物种之间的基因、蛋白和代谢产物等差异，从而进行分类。