魔姬云海分身的结局是，凤凰和玄宗的女儿凤毛霞合体，太子羽和玉兔一同孕育真实的凤凰之子凤丿。凤凰最终让自己的子女继承她的灵魂，将她的实体化为一只凤凰，带着她的孩子升空飞去。从整个故事中可以看出，虽然主人公正义终究得到及至，但是从物理上看，最终魔姬还是被遗忘，消失在历史尘埃之中。它代表了对自身牺牲的一种勇气，以及不断超越自我的决心，这也许就是魔姬云海分身的结局所要表达的含义。魔姬云海分身不仅仅让人惊叹游戏制作出来的神奇世界，而且更是完美的融合了传说、古代和现代的故事，而这正是这款游戏受欢迎的原因之一。