组培苗的缺点主要有两个，一是成本高，二是不易大规模生产。由于组培苗需要在无菌条件下进行培养，并需要较为复杂的设备和技术，因此其生产成本较高。同时，组培苗也不适合大规模生产，所以其应用范围受到了限制。不过，随着技术的不断发展和改进，这些问题也在逐渐得到解决，组培苗在植物育种和繁殖等方面仍有着广泛的应用前景。