HIV的潜伏期一般指感染后到出现急性期症状这段时间，通常感染后2周到4周出现急性期症状，包括发热、头痛、咽痛、肌肉关节痛、乏力、淋巴结肿大、盗汗、腹泻、体重下降、口腔溃疡等症状。这些症状一般持续1~3周自行缓解，也有持续时间超过1个月的报道。不过也有10%~60%的感染者没有急性期症状，当然可能有些人有急性期症状自己以为是感冒等症状而忽略了，但是不能排除确实有人没有明显急性期症状，所以高危后不能因为没有急性期症状就认为没有感染HIV。HIV窗口期指感染后到能够检测出来的时间，窗口期取决于检测方法，目前认为核酸的检测窗口期一周左右，抗原窗口期2周左右，抗体窗口期3周左右。但是窗口期和排除时间不是完全对等的，一般认为核酸RNA2周阴性，抗原抗体四周阴性，抗体六周阴性可以作为排除时间，一些检测机构认为10天DNA阴性可以排除。RNA检测不能检测HIV-2型，而且还有罕见的精英控制者可能感染后RNA一直在低水平而检测不到。
梅毒包括一、二、三期梅毒，最初感染后出现的一期梅毒主要症状是硬下疳，硬下疳的潜伏期为3至90天，我国2020年指南认为潜伏期2~4周，即使不治疗，硬下疳也会在3 - 6周内痊愈。在硬下疳出现后的几周到几个月内，约未经治疗的感染者会有25%发展为二期梅毒。
二期梅毒可表现为广泛的皮疹、溃疡、斑片状脱发、淋巴结肿大、体重减轻和疲劳。随后，感染者进入潜伏期，可能持续数年，没有任何迹象或症状。这就是为什么在常规筛查中发现的大多数梅毒是无症状的。神经梅毒是当感染到达中枢神经系统（即大脑或脊髓）时发生的。神经梅毒可发生在感染的任何阶段，但往往发生在三期梅毒阶段。因此，神经梅毒可在感染后几个月内发生，但也可在10至30年后发展为梅毒感染。
梅毒检测的窗口期取决于梅毒感染的阶段和检测方法。血检特异性梅毒抗体检测(FTA-ABS或者TPPA)会在硬下疳形成后1 - 2周左右呈阳性。也就是说平均4~5周特异性抗体阳性，严格来说，高危后应该8~10周阴性才能完全排除。我国2020年指南认为非特异梅毒螺旋体抗体检测（RPR,TRUST）窗口期6周。特异抗体窗口期4周，大家可以综合判断。