我觉得答案很简单，就是佐佐木和武藏的描绘失衡了，导致剧情无法合理地发展下去。
好的作者的剧本创作，剧情在前期丝丝铺垫下，角色的行为发展自然会符合人设和逻辑，再加上作者添加的转折和意外，于是实现角色们“意料之外，情理之中”的动机行为和故事展现，角色可以说都是有着自己的生命行动规律的，故事结局也会走向各种必然，尤其是有原作打底的改编剧本。
在井上雄彦的漫画版中，武藏历经无数磨难和参悟，已经逐渐达到了包容万物的无我的苍生之剑境界，但是井上通过改编想表现的聋哑佐佐木的那种绝世天然的纯粹的自我之剑却过于苍白，行为思想甚至反而逐渐流于世俗，无论剑术还是心境都几乎配不上做武藏最终的对手，而且受限于剧情发展以及前期角色布置，也再没有剧情空间可以分配给小次郎成长，这就导致最终战在井上脑中无法成型。无论怎么推演，作为作者内心都无法说服自己让两人能有一个均势力敌的决战，无论怎样设想都是一个简单而可笑的武藏碾压局，井上无法容忍这部作品有这样烂尾的决战，也不愿刻意拔高小次郎境界，这就导致他陷入了创作死局，无法再进一步。
我相信这也是井上雄彦在画展中描绘的武藏后日谈意识流结局中没有小次郎丝毫篇幅的缘故。井上脑中，现阶段描绘的小次郎，不配在武藏的一生中拥有一个刻骨铭心的位置。