工业微波设备用于杀菌装置结构一般分为隧道式和炉式以及管道式。
固体杀菌选用炉式设备，在需要流水线形式提高产量及实现制品的连续性时考虑选择隧道式；液体杀菌选用管道式，将液体送入反应腔体辐射实现的。
管道式快速微波液体灭菌机工作原理：
被加工物料在300MHZ到300GHZ的电磁波作用下，管道式微波液体灭菌机其中的极性分子产生强烈的震动与磨擦。细菌的主要成分是水，水是极性分子，在微波交变电磁场的作用下，引起强烈的极性震荡，导致电容性细胞结构破裂，或者细胞分子间氢键松弛破坏，使得细菌的最基本单元细胞管道式微波液体灭菌机生存环境遭到严重破坏，以致死亡，从而达到灭菌的目的。在整个过程中对产品功能性无任何影响，产品气味、色泽可基本保持原有的特点。简单来说就是在液体产品从发酵器或者反应釜成品流出的时候直接进入管道经过微波杀菌后再灌装。