故事的舞台。通称为「学院」。只有展现出「意志（Gem）」宝石的人才有资格入学。
学院授以免费的高等教育，但依据规定，学生必须提供自己的意志（Gem）作为学院的研究对象。此外，在校期间意志一旦屈服或破碎，学生将面临被退学的处理。
诺瓦大陆——故事的舞台。据说在太古时代，七块分散的陆地合为一体，形成了如今的面貌。

弗里吉亚王国——位于诺瓦大陆南端的王国。国土辽阔、资源丰富，作为世界第二大国闻名于世。
学园都市亚托拉斯——弗里吉亚王国最北部的都市。以名为「宝石学院」的巨大设施为中心发展而成的，所谓学园都市。传说很久以前这里曾是被妖魔封印的森林地带。
特洛伊帝国——与弗里吉亚王国北部接壤的帝国。拥有号称「日不落之国」的经济实力与军事实力的世界最大国家——而为人所知。然而，琥珀历1617年现今。整片国土突然被神秘的灾厄「石噬」石化殆尽，国家的功能完全停止。

琥珀历——本作中的历法。琥珀历1617年9月，宝石学院第27期学员入学，故事由此拉开帷幕。
兽人（セリオン）——具有动物特征的人类亚种。有犬、猫、狐狸等多个类种，通常拥有很高的身体素质。虽然弗里吉亚王国相对而言已经做好接纳他们的准备，但仍有一部分国民存在着根深蒂固的歧视。

意志（Gem）
由非凡的意志结晶化形成的宝石。亦指宝石赋予持有者的异能力。意志（Gem）的显现率甚为稀小，数千人中只有一人能够显现，原始念想的倾向决定了宝石的种类。这些宝石在物理上坚不可摧，即使丢失也会自然地归回宿主。但是，如果作为本源的意志屈服、动摇或是改变了心志，宝石将会随即破碎，同时也丧失能力。

弗里吉亚皇家宝石学院
位于弗里吉亚王国亚托拉斯的皇家学术机构。通称为「学院」。只有被称为「意志（Gem）」的宝石的显现者才有资格入学，学院授以免费的高等教育。这是一所迄今已培育出军人、官僚、科学家等众多精英的名门学院。但这所学院本质上是「意志（Gem）」的研究机构，学园功能只是它的附属设施之一。因此，在校期间意志（Gem）破碎的学生将会被予以退学（失去了研究价值）。因为是世界上唯一的研究「意志（Gem）」的设施，所以也被外国的谍报机构盯上了。

遗志（宝石）
失去持有者的意志（Gem）。据说意志的所有者死亡时，如果念想极为强烈，有少数的宝石会得以残存于现世。与意志不同，遗志的持有者已不复存在，因此任何人都可以将其拾获化为自己的物品并掌握其中的能力。
变彩（Chatoyancy）
意志（Gem）的进化现象。意志理应只会一次结晶化，但据说当执有比原先更强烈的意志时，宝石的种类还会随之转变。通常而言，心志一旦改变意志也会即刻破裂，因此变彩在过去近乎是从未被证实的稀有现象。譬如，持有「恋人之爱」意志的人，当他思念的恋人逝世后，原先的意志可能会被更强烈的「恋人之悼」所改写取代。
贤者之石
传说中遗留下来的幻之石。长生不死、点石成金、破邪退魔、起死回生等，被认为是能够创造这些人类智慧无法企及的奇迹的神秘宝物。然而毋庸说它的形态，就连它是否真实存在都无人知晓。人们普遍认为它其实是四大宝石之一，但也不排除是某种意志（Gem）的可能。主人公ソーマ肩负着潜入学院窃取这一秘宝的使命。此外，据上司Master说，它的真面目是「破坏世界平衡的石头」。
四大宝石
指「钻石」（diamond）、「红宝石」（ruby）、「蓝宝石」（sapphire）「绿宝石」（emerald）四颗宝石。这些意志[Gem]的显现据说是极其罕见的情况，在学院的历史上也几乎从未有出现过的这样的先例。其中的钻石，传说自从那位古代英雄曾怀有的「原初意志」显现以来再也没有被确认存在过。

石噬
威胁诺瓦大陆的石化现象。琥珀历1617年现今，诺瓦大陆以北起不足五成左右的面积已经被这种现象所侵蚀。「石噬」吞没的地方无论人、物、自然无一例外全都化为了石头，被永恒地定固在那里。人们纷纷低语传闻那是某种自然的灾害，但真相却是......？
美杜莎
「石噬」的元凶组织。究竟是以何种手段引发了石化，他们真正的目的到底是什么，世界的威胁、背后的真相，一切都被笼罩在层层迷雾之中。被认为是特洛伊出身的抵抗组织，持续地占领着全面石化的特洛伊领土。与「石噬」的巨大规模相反，组织的人数极少，总计只有400人左右。此外，根据在特洛伊国境最前线交战的弗里吉亚军队的报告，现已确认了「红玉」「兽刃」「残雪」三名干部的存在。

弗里吉亚王国军
直属于弗里吉亚皇室的军队。原先是为了防备「七年战争」，临时从各领邦召集私人士兵集结成的组织，在如今面对更大的危机前也从未解体。
七年战争
琥珀历1609年至1616年间发生的战争。指代以特洛伊帝国对外公布的「大陆统一政策」为开端，特洛伊常备军对周边国家发动的侵略战争。琥珀历1614年起，世界第二大国弗里吉亚也陷入全面冲突——结果却由于特洛伊全域突然被「石噬」吞没而强制结束。七年战争的称呼便是在那之后起的。
古战场
位于弗里吉亚王国和特洛伊帝国边境的厄勒克特拉峡谷。同时，也特指峡谷最上层延伸出的广阔平地。因自古以来就适合作为会战之地而闻名，古战场的名字也由此得来。

鸡蛇兽（Cockatrice）
鸡型魔兽。喉咙中有石化器官，它的吐息具有使表面石化的效果。